175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4612 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  462  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  50.94 
 
 		 250 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  50.31 
 
 		 203 aa  137  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  48.77 
 
 		 217 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  39.3 
 
 		 195 aa  122  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  45.51 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3245  transcriptional regulator, PadR-like family  45.39 
 
 		 206 aa  121  8e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  45 
 
 		 251 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 240 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  45.95 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  45.7 
 
 		 230 aa  112  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 189 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 213 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  44.87 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 220 aa  106  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 220 aa  106  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  42.48 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  40.38 
 
 		 334 aa  101  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  41.4 
 
 		 316 aa  100  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 325 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  44.7 
 
 		 183 aa  98.6  7e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  37.35 
 
 		 271 aa  97.4  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 249 aa  95.5  6e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  36.59 
 
 		 180 aa  95.1  8e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 305 aa  94.7  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 240 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  36.9 
 
 		 250 aa  90.1  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  37.04 
 
 		 205 aa  89.4  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  38 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  31.5 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  29.3 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  65.5  0.0000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  41.33 
 
 		 203 aa  64.7  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  34.78 
 
 		 150 aa  63.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  28.35 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  31.3 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 154 aa  63.5  0.000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  27.78 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 189 aa  61.6  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2649  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00573866  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2382  transcriptional regulator, PadR-like family  36.73 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000270616 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 152 aa  60.8  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  31.3 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  29.17 
 
 		 371 aa  58.9  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  40.85 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  28.81 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 155 aa  57.8  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 281 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  30.09 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1057  PadR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4067  transcriptional regulator, PadR-like family  34.67 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.690798 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3954  transcriptional regulator, PadR-like family  34.67 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.564811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2027  PadR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.104841  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0411  PadR-like family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 144 aa  55.5  0.0000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5307  PadR-like family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  30 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3571  PadR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.333448 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  38.67 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2546  PadR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  27.78 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3509  PadR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000686547 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1098  PadR-like family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 181 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.216996 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 254 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1213  transcriptional regulator, PadR-like family  34.18 
 
 		 202 aa  54.7  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1087  PadR-like family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 181 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3401  transcriptional regulator, PadR family  28.42 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  27.78 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  27.78 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  27.78 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  29.5 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3475  PadR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 214 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  27.78 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 209 aa  54.3  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3405  transcriptional regulator, PadR family  28.42 
 
 		 214 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0651  PadR-like family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 150 aa  53.9  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.991167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>