243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1147 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  479  1e-134  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  62.82 
 
 		 277 aa  177  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  48.8 
 
 		 217 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 203 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  47.06 
 
 		 250 aa  133  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  46.36 
 
 		 255 aa  128  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  47.68 
 
 		 251 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  48.63 
 
 		 230 aa  118  7e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 220 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 220 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 213 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 189 aa  111  8.000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  43.15 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  37.63 
 
 		 195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 249 aa  110  3e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  42.36 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  42.38 
 
 		 334 aa  109  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 305 aa  108  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 240 aa  106  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 195 aa  104  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  43.51 
 
 		 180 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  44.76 
 
 		 205 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  42.76 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  39.74 
 
 		 219 aa  96.7  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3245  transcriptional regulator, PadR-like family  38.67 
 
 		 206 aa  94.4  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  36.18 
 
 		 271 aa  89.4  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  35.57 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0311  PadR-like family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 159 aa  70.1  0.00000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  32.26 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  34.48 
 
 		 183 aa  68.6  0.00000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1087  PadR-like family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 144 aa  67  0.0000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.7443 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  41.67 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1303  PadR-like family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 156 aa  63.5  0.000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.213126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0038  PadR-like family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0953  PadR-like family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000151261  hitchhiker  0.000286609 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 204 aa  62  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  40.2 
 
 		 191 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  41.84 
 
 		 191 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  32.56 
 
 		 114 aa  61.6  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0411  PadR-like family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  43.84 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0247  PadR-like family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.917894 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  30 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  34.31 
 
 		 150 aa  58.2  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  36.17 
 
 		 114 aa  57.4  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  30.14 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  45.59 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5149  transcriptional regulator, PadR-like family  45.45 
 
 		 117 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0918525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1327  PadR-like family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00110327  decreased coverage  0.00407043 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0257  PadR-like family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 169 aa  57  0.0000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.688935 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  42.31 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0699  PadR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000596024  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 281 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3685  transcriptional regulator, PadR-like family  43.02 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.389985 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0868  PadR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.343891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  37.8 
 
 		 148 aa  54.7  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  45.83 
 
 		 371 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 254 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  46.15 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 111 aa  54.3  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1401  PadR-like family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 141 aa  53.9  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2308  transcriptional regulator, PadR-like family  37.84 
 
 		 124 aa  53.9  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197276 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6512  transcriptional regulator, PadR-like family  37.63 
 
 		 114 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.299933  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2866  transcriptional regulator, PadR-like family  26.32 
 
 		 135 aa  53.1  0.000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 247 aa  53.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 152 aa  53.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1507  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 175 aa  53.5  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  31.76 
 
 		 115 aa  53.5  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 232 aa  53.1  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 209 aa  53.1  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  39.02 
 
 		 196 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1371  PadR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 151 aa  53.1  0.000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.114848 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  41.67 
 
 		 277 aa  52.8  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  32.29 
 
 		 111 aa  52.8  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  45.33 
 
 		 123 aa  52.8  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>