More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1641 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1641  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 130 aa  258  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  71.07 
 
 		 122 aa  170  5e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  64.15 
 
 		 124 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 118 aa  142  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 118 aa  142  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 118 aa  142  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  56.88 
 
 		 118 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  60.75 
 
 		 128 aa  127  6e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3025  transcriptional regulator, PadR-like family  47.32 
 
 		 112 aa  108  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361179  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2975  PadR-like family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 117 aa  101  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.351973  hitchhiker  0.000108839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  44.34 
 
 		 114 aa  99.4  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  36.21 
 
 		 116 aa  84  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2045  PadR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 116 aa  82.4  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  38.32 
 
 		 114 aa  81.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  37.04 
 
 		 114 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 115 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 106 aa  74.3  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  34.86 
 
 		 115 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 112 aa  73.9  0.0000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1119  transcriptional regulator, PadR-like family  38.71 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000828793  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  41.67 
 
 		 113 aa  72.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 109 aa  72.4  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  34.62 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2716  PadR-like family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0032771  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 119 aa  71.2  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2773  transcriptional regulator PadR family protein  33.04 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.480734  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 107 aa  70.5  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  44.44 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  36.89 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 111 aa  68.6  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  32.69 
 
 		 109 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 109 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0211  transcriptional regulator, PadR-like family  43.53 
 
 		 114 aa  67.8  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.635433  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0699  PadR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 110 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000596024  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0870  transcriptional regulator, PadR-like family  35.58 
 
 		 109 aa  67  0.00000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.126206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 125 aa  67  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2046  PadR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 109 aa  67  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  31.43 
 
 		 110 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05700  transcriptional regulator, PadR family  41.84 
 
 		 114 aa  66.6  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.182738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 109 aa  65.5  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0345  PadR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000392744  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4626  PadR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0264  hypothetical protein  31.11 
 
 		 103 aa  64.3  0.0000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0415601  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  34.04 
 
 		 117 aa  62.8  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  33.65 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0884  transcriptional regulator, PadR-like family  37.76 
 
 		 113 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.803221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 110 aa  62.8  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3780  transcriptional regulator, PadR family  37.38 
 
 		 108 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0742647  normal  0.491586 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  44.87 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3462  PadR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00016944  hitchhiker  0.00778578 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4285  PadR family transcriptional regulator  31 
 
 		 110 aa  62  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2076  transcriptional regulator, PadR-like family  41.67 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.668384  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4335  transcriptional regulator, PadR family  31.91 
 
 		 105 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2081  transcriptional regulator, PadR-like family  32.41 
 
 		 109 aa  60.8  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000022052  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4059  PadR-like family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 105 aa  60.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6512  transcriptional regulator, PadR-like family  38.89 
 
 		 114 aa  60.5  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.299933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  37.36 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 108 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  44.44 
 
 		 110 aa  60.5  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4279  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 105 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0216  transcriptional regulator, PadR-like family  33.7 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3958  PadR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1857  PadR-like family transcriptional regulator  31 
 
 		 109 aa  60.1  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4394  PadR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 119 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0918  transcriptional regulator, PadR family  31.91 
 
 		 105 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0778  transcriptional regulator, PadR-like family  40.74 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4316  transcriptional regulator, PadR family  32.97 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  42.5 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3772  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.852524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  36.08 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3947  PadR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 105 aa  57.4  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1087  PadR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0408636 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  31.63 
 
 		 109 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1070  transcriptional regulator, PadR-like family  39.36 
 
 		 104 aa  57  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188637  hitchhiker  0.000000498444 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2527  PadR-like family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0218249  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 103 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  34.15 
 
 		 111 aa  55.5  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29180  predicted transcriptional regulator  40.91 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1921  PadR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 152 aa  55.5  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33800  transcriptional regulator, PadR family  38.64 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.377597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  37.36 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0175  transcriptional regulator, PadR-like family  27.78 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3472  PadR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0715346 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1035  PadR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00460025  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1497  PadR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0180  transcriptional regulator, PadR-like family  39.33 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5742  transcriptional regulator, PadR-like family  36.56 
 
 		 112 aa  54.3  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.92312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0318  PadR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.490678  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3142  transcriptional regulator, PadR-like family  34.41 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0600315  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3696  PadR-like family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>