More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2396 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 111 aa  220  4.9999999999999996e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6512  transcriptional regulator, PadR-like family  50.48 
 
 		 114 aa  111  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.299933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5149  transcriptional regulator, PadR-like family  43.4 
 
 		 117 aa  96.3  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0918525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3772  transcriptional regulator, PadR-like family  46.6 
 
 		 124 aa  95.9  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.852524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2308  transcriptional regulator, PadR-like family  39.83 
 
 		 124 aa  90.1  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197276 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  41.35 
 
 		 114 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 111 aa  73.6  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 116 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  33.03 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  34.88 
 
 		 113 aa  66.2  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  33.64 
 
 		 114 aa  65.1  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  34.29 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  31.73 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1641  PadR-like family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  34.29 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 111 aa  62  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  38.1 
 
 		 112 aa  61.6  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  32.43 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 109 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  23.3 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0778  transcriptional regulator, PadR-like family  28.71 
 
 		 115 aa  60.5  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0247  PadR-like family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 157 aa  60.5  0.000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.917894 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  35 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  34.62 
 
 		 115 aa  60.1  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 115 aa  59.7  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  24.3 
 
 		 116 aa  58.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3025  transcriptional regulator, PadR-like family  32.41 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361179  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 108 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2026  PadR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 102 aa  58.5  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000771993  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1858  PadR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 104 aa  57.8  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000789415  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  32.97 
 
 		 263 aa  57.8  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 109 aa  57  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 157 aa  57  0.00000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0699  PadR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000596024  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4394  PadR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  28.16 
 
 		 119 aa  55.1  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  35 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  31.46 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0494  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.396761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0311  PadR-like family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5391  transcriptional regulator, PadR family  30.39 
 
 		 115 aa  54.3  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0917422  normal  0.395452 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2076  transcriptional regulator, PadR-like family  29.82 
 
 		 126 aa  54.3  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.668384  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2975  PadR-like family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 117 aa  53.9  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.351973  hitchhiker  0.000108839 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1035  PadR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00460025  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1513  hypothetical protein  35 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0927138 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1891  PadR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.0316492 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2045  PadR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1303  PadR-like family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 156 aa  53.9  0.0000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.213126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3802  hypothetical protein  35 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.991383  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3730  hypothetical protein  34 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3462  PadR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 121 aa  53.5  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00016944  hitchhiker  0.00778578 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1495  transcriptional regulator, PadR-like family  35.85 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0895  transcriptional regulator PadR family protein  28.04 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.036663  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2658  hypothetical protein  29.03 
 
 		 165 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287076  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0734  hypothetical protein  34.88 
 
 		 118 aa  53.1  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  32 
 
 		 112 aa  52.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3753  hypothetical protein  34 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.722643  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3483  hypothetical protein  34 
 
 		 109 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.134487  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5742  transcriptional regulator, PadR-like family  31.37 
 
 		 112 aa  53.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.92312  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  32 
 
 		 112 aa  52.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3448  transcriptional regulator  34 
 
 		 109 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3711  hypothetical protein  34 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0645400000000003e-18 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3399  transcriptional regulator  34 
 
 		 109 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314118  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3380  PadR-like family transcriptional regulator  35 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.114558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3757  hypothetical protein  34 
 
 		 109 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1070  transcriptional regulator, PadR-like family  32.35 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188637  hitchhiker  0.000000498444 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  36.14 
 
 		 110 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3696  PadR-like family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 128 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1533  transcriptional regulator, PadR-like family  37.97 
 
 		 120 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4325  PadR-like family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.405564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0279  PadR-like family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.360828  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0055  PadR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 113 aa  52.4  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2527  PadR-like family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 117 aa  52.4  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0218249  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  34.94 
 
 		 180 aa  52.8  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4626  PadR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 114 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1163  transcriptional regulator, PadR-like family  34.07 
 
 		 191 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984047 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0690  PadR-like family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.112925  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6039  PadR-like family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 181 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.258534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10046  hypothetical protein  33.77 
 
 		 180 aa  52  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2223  PadR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 372 aa  52  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0957891  hitchhiker  0.0000188934 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0660  PadR-like family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0691  PadR-like family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>