247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1921 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1921  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 114 aa  225  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2045  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 116 aa  116  9.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1119  transcriptional regulator, PadR-like family  50.96 
 
 		 123 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000828793  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2081  transcriptional regulator, PadR-like family  50.96 
 
 		 109 aa  103  1e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000022052  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2076  transcriptional regulator, PadR-like family  45.1 
 
 		 126 aa  97.8  4e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.668384  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24890  predicted transcriptional regulator  45.71 
 
 		 111 aa  96.7  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0870  transcriptional regulator, PadR-like family  45.19 
 
 		 109 aa  96.3  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.126206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0699  PadR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000596024  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1035  PadR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 108 aa  90.5  7e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00460025  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 109 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  35 
 
 		 109 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  33.66 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0345  PadR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 116 aa  78.6  0.00000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000392744  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 110 aa  77  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 114 aa  74.7  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 111 aa  74.7  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4394  PadR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 119 aa  73.9  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  35.48 
 
 		 116 aa  72  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  29.13 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  28.07 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 115 aa  70.5  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 111 aa  70.5  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1858  PadR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000789415  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2716  PadR-like family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 112 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0032771  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2773  transcriptional regulator PadR family protein  35.71 
 
 		 112 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.480734  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0264  hypothetical protein  34.29 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0415601  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1497  PadR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 107 aa  64.3  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 109 aa  63.2  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  31.73 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 108 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1070  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 104 aa  63.2  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188637  hitchhiker  0.000000498444 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29180  predicted transcriptional regulator  29.59 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3025  transcriptional regulator, PadR-like family  31.07 
 
 		 112 aa  62  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361179  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1934  PadR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 106 aa  61.6  0.000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1495  transcriptional regulator, PadR-like family  35.45 
 
 		 108 aa  61.6  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  24.77 
 
 		 118 aa  60.8  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 111 aa  61.2  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1194  transcriptional regulator, PadR-like family  27.62 
 
 		 111 aa  60.8  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  29.73 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 125 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  28 
 
 		 103 aa  60.5  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  30.77 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  33.02 
 
 		 112 aa  60.1  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  27.1 
 
 		 114 aa  60.1  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1857  PadR-like family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  31.73 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0884  transcriptional regulator, PadR-like family  32.95 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.803221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 108 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2975  PadR-like family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.351973  hitchhiker  0.000108839 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1513  hypothetical protein  31.37 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0927138 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3802  hypothetical protein  31.37 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.991383  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  26.21 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1963  PadR-like family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3462  PadR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 121 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00016944  hitchhiker  0.00778578 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3142  transcriptional regulator, PadR-like family  28.44 
 
 		 121 aa  57.8  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0600315  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3772  PadR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3787  PadR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  26.42 
 
 		 116 aa  57  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  31.91 
 
 		 111 aa  56.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4156  transcriptional regulator, PadR family  26.42 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.20651  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1891  PadR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.0316492 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 113 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3380  PadR-like family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.114558  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  25.96 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4626  PadR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 114 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  31.43 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1641  PadR-like family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3730  hypothetical protein  30.39 
 
 		 107 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  31.18 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  25.49 
 
 		 119 aa  55.1  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3483  hypothetical protein  33.33 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.134487  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4050  transcriptional regulator, PadR family  25.47 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33800  transcriptional regulator, PadR family  26.13 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.377597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3757  hypothetical protein  33.33 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3753  hypothetical protein  30.39 
 
 		 107 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.722643  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05700  transcriptional regulator, PadR family  31.87 
 
 		 114 aa  55.1  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.182738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3711  hypothetical protein  33.33 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0645400000000003e-18 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3448  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3399  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314118  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0279  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.360828  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0763  PadR-like family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.31288  normal  0.603278 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>