132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3208 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3208  protein of unknown function DUF218  100 
 
 		 196 aa  401  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000349402  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1055  protein of unknown function DUF218  93.23 
 
 		 195 aa  368  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000273108 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3157  hypothetical protein  67.68 
 
 		 199 aa  286  1e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000253328  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2322  hypothetical protein  64.82 
 
 		 200 aa  274  7e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000278714  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2233  hypothetical protein  64.62 
 
 		 199 aa  271  5.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0295734  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2281  protein of unknown function DUF218  65.31 
 
 		 198 aa  260  8e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00040439  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2396  hypothetical protein  63.92 
 
 		 198 aa  247  1e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000041288  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1152  protein of unknown function DUF218  30.65 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104953  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2193  hypothetical protein  33.56 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123189  normal  0.691165 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0986  hypothetical protein  32.57 
 
 		 302 aa  86.3  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2982  hypothetical protein  30.61 
 
 		 258 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0578  hypothetical protein  30.94 
 
 		 241 aa  85.1  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3089  hypothetical protein  29.12 
 
 		 218 aa  84.7  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.99224  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4865  hypothetical protein  32.89 
 
 		 240 aa  84.7  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.765936  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5216  protein of unknown function DUF218  31.64 
 
 		 241 aa  84.7  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3091  protein of unknown function DUF218  28.42 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.322539  normal  0.57374 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3256  hypothetical protein  35.37 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.143218  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2985  protein of unknown function DUF218  31.25 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.208738  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1995  hypothetical protein  34.03 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.368022  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0669  hypothetical protein  30.86 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126167  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0020  hypothetical protein  29.73 
 
 		 300 aa  82  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.580582 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1921  hypothetical protein  34.03 
 
 		 300 aa  82  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2865  hypothetical protein  30.34 
 
 		 283 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1593  hypothetical protein  35.62 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.434005 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0945  hypothetical protein  28.78 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.238786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1178  hypothetical protein  28.65 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.665154 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0836  hypothetical protein  33.33 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.891978  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0467  hypothetical protein  27.87 
 
 		 264 aa  75.5  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3011  hypothetical protein  33.77 
 
 		 177 aa  75.1  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3574  protein of unknown function DUF218  29.94 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0583825 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2545  hypothetical protein  29.51 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2376  hypothetical protein  27.87 
 
 		 195 aa  72  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0665662 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4029  hypothetical protein  29.14 
 
 		 246 aa  72  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0699  hypothetical protein  27.27 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.514208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3070  protein of unknown function DUF218  27.81 
 
 		 213 aa  68.9  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00556969  normal  0.0219592 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3867  protein of unknown function DUF218  29.38 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.420451  normal  0.0728404 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3082  hypothetical protein  28.86 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000038787  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2890  hypothetical protein  28.96 
 
 		 176 aa  64.3  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.743347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0098  hypothetical protein  29.78 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3219  hypothetical protein  27.75 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.175029  normal  0.346292 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003183  hypothetical protein  27.01 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003221  hypothetical protein  27.01 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2339  protein of unknown function DUF218  31.3 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.196018 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1673  hypothetical protein  35.65 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.255885 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0953  protein of unknown function DUF218  28.57 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.954298  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3480  H+/gluconate symporter and related permease-like protein  26.85 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.266773 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0755  protein of unknown function DUF218  32.28 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000325401 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2729  protein of unknown function DUF218  35.78 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00326918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0148  hypothetical protein  31.54 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.692112  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2653  protein of unknown function DUF218  31.9 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.344395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4612  hypothetical protein  42.25 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467736  normal  0.160891 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1910  protein of unknown function DUF218  26.62 
 
 		 251 aa  54.3  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0244729 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0426  Bme2 protein  25.55 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0911545  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1489  hypothetical protein  27.78 
 
 		 235 aa  53.5  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000603911  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2596  hypothetical protein  29.37 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0369  Bme2 protein  25.55 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16316  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2730  protein of unknown function DUF218  30.94 
 
 		 279 aa  53.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.111496 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3378  hypothetical protein  22.67 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.620452  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1496  hypothetical protein  28.81 
 
 		 375 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000145753  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1772  hypothetical protein  28.81 
 
 		 375 aa  53.5  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000657641  normal  0.0639898 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1601  hypothetical protein  28.81 
 
 		 375 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2014  hypothetical protein  30.23 
 
 		 235 aa  52.8  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3403  hypothetical protein  29.85 
 
 		 280 aa  52.4  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3453  hypothetical protein  40.3 
 
 		 262 aa  52.4  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3048  hypothetical protein  29.85 
 
 		 280 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.09156  normal  0.289832 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3570  protein of unknown function DUF218  32.41 
 
 		 264 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0964  protein of unknown function DUF218  32.64 
 
 		 244 aa  51.2  0.000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000017074  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1691  hypothetical protein  25.9 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0187033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12821  hypothetical protein  25.82 
 
 		 236 aa  50.8  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0761  protein of unknown function DUF218  29.5 
 
 		 262 aa  50.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1708  hypothetical protein  34.04 
 
 		 280 aa  50.1  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.050766  normal  0.317979 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1258  hypothetical protein  29.46 
 
 		 268 aa  50.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1763  hypothetical protein  29.23 
 
 		 252 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.478051 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0844  hypothetical protein  22.84 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.527132  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1378  protein of unknown function DUF218  23.86 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2531  hitchhiker  0.00903728 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2460  putative transmembrane protein  36.11 
 
 		 185 aa  48.9  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.919961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4365  hypothetical protein  24.17 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.980357  hitchhiker  0.000669718 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1343  hypothetical protein  20 
 
 		 213 aa  49.3  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.747417 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4882  hypothetical protein  24.17 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000206501 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3338  hypothetical protein  31.78 
 
 		 264 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4373  protein of unknown function DUF218  35.82 
 
 		 262 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.845031  normal  0.225585 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2313  hypothetical protein  34.33 
 
 		 251 aa  48.5  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1020  protein of unknown function DUF218  32.84 
 
 		 242 aa  48.1  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1217  hypothetical protein  28.33 
 
 		 219 aa  48.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1541  hypothetical protein  27.53 
 
 		 214 aa  48.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00754119  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4052  protein of unknown function DUF218  34.33 
 
 		 262 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4260  hypothetical protein  27.03 
 
 		 193 aa  47.4  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2141  protein of unknown function DUF218  36.51 
 
 		 346 aa  47  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00423736  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3306  hypothetical protein  20.37 
 
 		 189 aa  47  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1816  hypothetical protein  40 
 
 		 166 aa  47  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0359339  normal  0.0830506 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0483  protein of unknown function DUF218  27.36 
 
 		 224 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.470585 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3072  hypothetical protein  33.33 
 
 		 264 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.195617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0732  hypothetical protein  26 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3912  protein of unknown function DUF218  30.23 
 
 		 222 aa  46.6  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.265733  normal  0.345064 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2431  hypothetical protein  36.14 
 
 		 267 aa  45.8  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.53127  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1366  hypothetical protein  29.13 
 
 		 266 aa  45.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.90388  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3226  protein of unknown function DUF218  36.11 
 
 		 265 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.836956 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0643  hypothetical protein  20.13 
 
 		 192 aa  45.8  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1158  hypothetical protein  31.07 
 
 		 237 aa  45.4  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00819427  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1177  hypothetical protein  28.23 
 
 		 268 aa  45.1  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00488097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>