255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3338 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3338  hypothetical protein  100 
 
 		 264 aa  516  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3072  hypothetical protein  69.7 
 
 		 264 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.195617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1708  hypothetical protein  66.92 
 
 		 280 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.050766  normal  0.317979 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3570  protein of unknown function DUF218  70.08 
 
 		 264 aa  358  6e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2431  hypothetical protein  68.94 
 
 		 267 aa  357  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.53127  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2382  hypothetical protein  70.08 
 
 		 264 aa  345  4e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371494  normal  0.708351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2743  hypothetical protein  51.32 
 
 		 281 aa  253  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.519484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4612  hypothetical protein  49.43 
 
 		 262 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467736  normal  0.160891 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4460  hypothetical protein  46.21 
 
 		 267 aa  225  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472125  normal  0.336495 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3190  protein of unknown function DUF218  46.79 
 
 		 278 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.463529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3226  protein of unknown function DUF218  45.66 
 
 		 265 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.836956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3001  hypothetical protein  45.28 
 
 		 278 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.836994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2014  hypothetical protein  42.61 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1177  hypothetical protein  39.31 
 
 		 268 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00488097  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1136  hypothetical protein  38.93 
 
 		 268 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000241931  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3555  hypothetical protein  48.61 
 
 		 275 aa  190  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1258  hypothetical protein  43.98 
 
 		 268 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1366  hypothetical protein  38.93 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.90388  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0755  protein of unknown function DUF218  41.04 
 
 		 264 aa  185  8e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000325401 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1673  hypothetical protein  38.81 
 
 		 284 aa  178  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.255885 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4052  protein of unknown function DUF218  36.54 
 
 		 262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4373  protein of unknown function DUF218  35.85 
 
 		 262 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.845031  normal  0.225585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6345  hypothetical protein  44.02 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.842525  hitchhiker  0.00886625 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3453  hypothetical protein  39.62 
 
 		 262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3048  hypothetical protein  39.92 
 
 		 280 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.09156  normal  0.289832 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0413  hypothetical protein  37.12 
 
 		 272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3403  hypothetical protein  42.86 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1020  protein of unknown function DUF218  30.47 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22350  hypothetical protein  31.42 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2002  hypothetical protein  26.95 
 
 		 254 aa  94  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2313  hypothetical protein  27.53 
 
 		 251 aa  92.8  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0242  hypothetical protein  31.48 
 
 		 272 aa  91.3  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0452  protein of unknown function DUF218  29.48 
 
 		 260 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1763  hypothetical protein  34.84 
 
 		 252 aa  88.6  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.478051 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2303  hypothetical protein  29.34 
 
 		 258 aa  86.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.682762  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2681  hypothetical protein  34.01 
 
 		 250 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2553  hypothetical protein  33.5 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1775  hypothetical protein  35.96 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3520  hypothetical protein  28.57 
 
 		 263 aa  82.4  0.000000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4276  protein of unknown function DUF218  28.57 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2047  hypothetical protein  31.03 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1541  hypothetical protein  29.81 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00754119  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2202  hypothetical protein  31.02 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1088  hypothetical protein  28.03 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.252564 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3086  hypothetical protein  31.65 
 
 		 255 aa  78.6  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1104  hypothetical protein  28.03 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0147337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1055  hypothetical protein  28.03 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.102955 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00924  conserved inner membrane protein  27.27 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0692012  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2723  protein of unknown function DUF218  27.27 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00143107  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2676  hypothetical protein  27.27 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000584627  normal  0.41839 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1023  hypothetical protein  28.03 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14835  normal  0.458616 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1027  hypothetical protein  27.27 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000464041  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1080  hypothetical protein  27.27 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00727998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2201  hypothetical protein  27.27 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000670511  normal  0.151519 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00931  hypothetical protein  27.27 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0659639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1017  hypothetical protein  27.27 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000186844  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0996  hypothetical protein  27.27 
 
 		 258 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.490044  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2266  hypothetical protein  27.68 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1119  hypothetical protein  27.38 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0242849  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2405  hypothetical protein  26.89 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000200717  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1158  hypothetical protein  27.38 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00819427  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0549  protein of unknown function DUF218  30.3 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4675  hypothetical protein  37.01 
 
 		 270 aa  72.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.139137  normal  0.101849 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1557  hypothetical protein  36.09 
 
 		 249 aa  72  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2551  hypothetical protein  35.84 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1321  hypothetical protein  26.22 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000340007  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2397  integral membrane protein  29.8 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0045  protein of unknown function DUF218  33.83 
 
 		 266 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.164009 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0039  protein of unknown function DUF218  33.83 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2571  hypothetical protein  30 
 
 		 266 aa  70.1  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2201  protein of unknown function DUF218  30 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0561041  normal  0.0364927 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1439  hypothetical protein  25.86 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.270449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00180  transmembrane  30.04 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.384115  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0441  protein of unknown function DUF218  25.37 
 
 		 265 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0454  protein of unknown function DUF218  25.37 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.28276  normal  0.0360985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3103  protein of unknown function DUF218  24.25 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.0000000000000591337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2287  protein of unknown function DUF218  32.56 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4689  protein of unknown function DUF218  28.86 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.584502  normal  0.95613 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0399  hypothetical protein  30.66 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.30478 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1217  hypothetical protein  32.6 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0731  hypothetical protein  29.05 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.853147  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1732  protein of unknown function DUF218  29.21 
 
 		 250 aa  65.5  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000709574  normal  0.252079 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0146  lipoprotein transmembrane  29.49 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0547  hypothetical protein  32.35 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0127  protein of unknown function DUF218  30.14 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.703428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4693  protein of unknown function DUF218  28.4 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.203354  normal  0.120378 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1709  hypothetical protein  31.03 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.221791  normal  0.939525 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4631  hypothetical protein  35.21 
 
 		 224 aa  62  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.189106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2730  protein of unknown function DUF218  30.84 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.111496 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1765  hypothetical protein  30.05 
 
 		 281 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.280276  normal  0.0749745 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003938  membrane protein functionally coupled to the MukBEF chromosome partitioning mechanism  25.55 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0113551  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0761  protein of unknown function DUF218  27.55 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1910  protein of unknown function DUF218  24.5 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0244729 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1466  hypothetical protein  33.33 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1009  hypothetical protein  34.09 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1490  hypothetical protein  34.09 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12821  hypothetical protein  26.82 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3249  hypothetical protein  35.58 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.258971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0376  protein of unknown function DUF218  34.44 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2380  hypothetical protein  34.11 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>