More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3052 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3052  phage integrase  100 
 
 		 289 aa  572  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.378569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3501  integrase family protein  50.32 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1515  integrase family protein  51.11 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1619  integrase family protein  43.26 
 
 		 325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0214  site-specific recombinase XerD  39.13 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  34.84 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  34.84 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  34.84 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1095  phage integrase  46.94 
 
 		 242 aa  99.8  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  38.69 
 
 		 300 aa  99.4  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3692  integrase family protein  36.6 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.859862 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6221  site-specific recombinase XerD-like protein  51.76 
 
 		 142 aa  94.4  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1863  integrase family protein  42.64 
 
 		 347 aa  93.2  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.831424  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_63  site-specific recombinase, phage integrase family  29.27 
 
 		 332 aa  87.8  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  32.37 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  26.79 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0196  integrase family protein  31.25 
 
 		 328 aa  65.9  0.0000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000565414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  28.71 
 
 		 301 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  31.03 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1434  phage integrase family protein  31.2 
 
 		 322 aa  65.5  0.0000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1284  integrase domain protein SAM domain protein  33.04 
 
 		 227 aa  65.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0235313  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0669  integrase-recombinase  23.94 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  29.31 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  32.65 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  33.91 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  28.67 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.17 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  27.74 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  36.28 
 
 		 389 aa  62.8  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0900  integrase  28.46 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000819417  hitchhiker  0.000000626468 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  33.62 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.5 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  30.43 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.83 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  29.31 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.17 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  30.7 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  27.48 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  27.46 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  30.3 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1201  phage integrase  30.58 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0529826  normal  0.150621 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.28 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  31.06 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00070  putative site-specific recombinase  25.96 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.3 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.5 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  32.76 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  32.76 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  26.97 
 
 		 302 aa  59.3  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  32.76 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  23.58 
 
 		 304 aa  58.9  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1555  tyrosine recombinase XerD  28.45 
 
 		 290 aa  58.9  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.5 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  23.57 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2420  integrase family protein  34.78 
 
 		 335 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0132691 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  31.79 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0872  phage integrase family protein  25.66 
 
 		 324 aa  58.5  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.93 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  29.82 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.48 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.14 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  28.7 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.56 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  35.59 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.38 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  32.91 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.14 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  29.57 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  28.03 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  29.1 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  29.73 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.08 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5914  integrase family protein  33.74 
 
 		 325 aa  57  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000658468  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  31.82 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.74 
 
 		 299 aa  57  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  29.85 
 
 		 300 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  29.85 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  27.82 
 
 		 302 aa  57  0.0000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  29.85 
 
 		 300 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  29.57 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.03 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  28.7 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  23.91 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  29.57 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.93 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  29.57 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.03 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.03 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>