More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_63 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_63  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 332 aa  692    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0056  phage integrase family protein  59.34 
 
 		 332 aa  395  1e-109  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  46.08 
 
 		 319 aa  310  2e-83  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_107  site-specific recombinase, phage integrase family  92.86 
 
 		 140 aa  272  7e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  40.06 
 
 		 319 aa  249  7e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  40.06 
 
 		 319 aa  249  7e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  40.06 
 
 		 319 aa  249  7e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  31.17 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  30.97 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3738  prophage LambdaBa03, site-specific recombinase, phage integrase family  29.08 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000543556  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3501  integrase family protein  29.01 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  31.44 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  33.56 
 
 		 291 aa  129  9.000000000000001e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  30.35 
 
 		 329 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1515  integrase family protein  28.36 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  32.4 
 
 		 298 aa  126  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  31.6 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0669  integrase-recombinase  30.34 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  30.58 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  29.35 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.18 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  30.1 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4984  prophage LambdaBa03, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.25 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5363  prophage lambdaba03, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.25 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.256716  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.33 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2420  integrase family protein  32.23 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0132691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  31.49 
 
 		 298 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  29.15 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.45 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.32 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.94 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.37 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.67 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.52 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  32.12 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  29.15 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  27.1 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.21 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.9 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  30.63 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  29.26 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.05 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.37 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  29.77 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1619  integrase family protein  26.47 
 
 		 325 aa  109  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  27.51 
 
 		 312 aa  109  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  27.24 
 
 		 296 aa  110  5e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.83 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  28.42 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.1 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.1 
 
 		 299 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.1 
 
 		 299 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.1 
 
 		 299 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.1 
 
 		 299 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  27.76 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.62 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.83 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0562  integrase/recombinase  27.45 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0843058  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.51 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.78 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  29 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.62 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.78 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  27.41 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.41 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  28.78 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.37 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  28.12 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  28.29 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.41 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  28.04 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  27.7 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.78 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.31 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  25.09 
 
 		 294 aa  107  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  28.33 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  30.28 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.15 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  27.73 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 294 aa  106  6e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>