More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1334 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1334  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 369 aa  721    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0406905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5175  uroporphyrinogen decarboxylase  77.53 
 
 		 360 aa  539  9.999999999999999e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6721  Uroporphyrinogen decarboxylase  66.67 
 
 		 345 aa  453  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232366  normal  0.50707 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1532  uroporphyrinogen decarboxylase  68.82 
 
 		 371 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.762506  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1474  uroporphyrinogen decarboxylase  68.82 
 
 		 365 aa  441  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.514226  hitchhiker  0.000238489 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3929  uroporphyrinogen decarboxylase  67.27 
 
 		 345 aa  438  9.999999999999999e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1763  uroporphyrinogen decarboxylase  65.86 
 
 		 354 aa  435  1e-121  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000856946  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2830  uroporphyrinogen decarboxylase  63.22 
 
 		 355 aa  436  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1899  uroporphyrinogen decarboxylase  65.1 
 
 		 361 aa  432  1e-120  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2264  uroporphyrinogen decarboxylase  65.26 
 
 		 345 aa  432  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.157511  normal  0.0603036 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6783  uroporphyrinogen decarboxylase  60.05 
 
 		 401 aa  424  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.916687  normal  0.894439 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24090  uroporphyrinogen decarboxylase  65.52 
 
 		 353 aa  419  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.157192  normal  0.0237176 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1892  uroporphyrinogen decarboxylase  65 
 
 		 357 aa  416  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1552  uroporphyrinogen decarboxylase  65.88 
 
 		 350 aa  417  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2263  uroporphyrinogen decarboxylase  65.38 
 
 		 354 aa  414  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.513743  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1889  uroporphyrinogen decarboxylase  64.95 
 
 		 355 aa  411  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1382  uroporphyrinogen decarboxylase  63.64 
 
 		 368 aa  410  1e-113  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0660035  normal  0.645291 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3674  uroporphyrinogen decarboxylase  60.18 
 
 		 345 aa  393  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15670  uroporphyrinogen decarboxylase  60.34 
 
 		 369 aa  387  1e-106  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.120602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12693  uroporphyrinogen decarboxylase  58.74 
 
 		 357 aa  375  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1548  uroporphyrinogen decarboxylase  59.1 
 
 		 372 aa  377  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0412889  normal  0.326148 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2481  uroporphyrinogen decarboxylase  60.93 
 
 		 354 aa  375  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284434 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2212  uroporphyrinogen decarboxylase  58.76 
 
 		 372 aa  365  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2201  uroporphyrinogen decarboxylase  59.48 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.145725  normal  0.153622 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2258  uroporphyrinogen decarboxylase  59.48 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.242825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3919  uroporphyrinogen decarboxylase  58.6 
 
 		 354 aa  359  4e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.189637  normal  0.515897 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3546  uroporphyrinogen decarboxylase  52.25 
 
 		 340 aa  358  8e-98  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3435  uroporphyrinogen decarboxylase  58.03 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000949597  hitchhiker  0.00324968 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36030  uroporphyrinogen decarboxylase  56.6 
 
 		 355 aa  351  1e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.142165  normal  0.921128 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1585  uroporphyrinogen decarboxylase  58.21 
 
 		 354 aa  342  5e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0185699  normal  0.490374 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4010  uroporphyrinogen decarboxylase  57.1 
 
 		 370 aa  338  7e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.961191 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3249  uroporphyrinogen decarboxylase  56.94 
 
 		 378 aa  338  8e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2494  uroporphyrinogen decarboxylase  56.16 
 
 		 381 aa  334  1e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000340727 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2772  uroporphyrinogen decarboxylase  56.16 
 
 		 345 aa  333  2e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.164918  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2089  uroporphyrinogen decarboxylase  50.6 
 
 		 359 aa  332  6e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2485  uroporphyrinogen decarboxylase  51.92 
 
 		 353 aa  327  2.0000000000000001e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.481769 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0649  uroporphyrinogen decarboxylase  46.08 
 
 		 345 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26750  uroporphyrinogen decarboxylase  53.27 
 
 		 346 aa  318  9e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.506811  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0989  uroporphyrinogen decarboxylase  45.48 
 
 		 348 aa  316  3e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15230  uroporphyrinogen decarboxylase  51.15 
 
 		 407 aa  315  7e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.617606  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2590  uroporphyrinogen decarboxylase  48.12 
 
 		 360 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1465  uroporphyrinogen decarboxylase  45.78 
 
 		 345 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0824  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 357 aa  312  6.999999999999999e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1103  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  312  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1167  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0984  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0986  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1230  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0999  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  311  1e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1070  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  311  1e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4202  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  311  2e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1152  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 348 aa  310  2e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1921  uroporphyrinogen decarboxylase  42.34 
 
 		 345 aa  305  9.000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000898972  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1887  uroporphyrinogen decarboxylase  42.34 
 
 		 345 aa  305  9.000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259223  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1748  uroporphyrinogen decarboxylase  47.34 
 
 		 348 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  normal  0.975855 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1368  uroporphyrinogen decarboxylase  41.62 
 
 		 344 aa  300  2e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1292  uroporphyrinogen decarboxylase  45.99 
 
 		 356 aa  300  3e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2028  uroporphyrinogen decarboxylase  47.93 
 
 		 352 aa  300  3e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1830  uroporphyrinogen decarboxylase  51.56 
 
 		 356 aa  298  1e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0693  uroporphyrinogen decarboxylase  42.9 
 
 		 351 aa  291  1e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3453  uroporphyrinogen decarboxylase  43.84 
 
 		 340 aa  287  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575742  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3245  uroporphyrinogen decarboxylase  44.44 
 
 		 340 aa  287  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  44.14 
 
 		 340 aa  286  5e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  45.35 
 
 		 343 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000649218  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  44.14 
 
 		 339 aa  280  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.267289  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  44.14 
 
 		 339 aa  280  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1403  uroporphyrinogen decarboxylase  44.93 
 
 		 352 aa  278  8e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.227332 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2287  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 347 aa  273  4.0000000000000004e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.368648  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2989  uroporphyrinogen decarboxylase  44.57 
 
 		 356 aa  271  9e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  41.74 
 
 		 339 aa  271  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  44.38 
 
 		 351 aa  268  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  42.65 
 
 		 350 aa  266  4e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5896  uroporphyrinogen decarboxylase  45.43 
 
 		 354 aa  262  6.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  40 
 
 		 351 aa  260  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  40 
 
 		 351 aa  259  4e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  41.03 
 
 		 354 aa  259  4e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  40.29 
 
 		 352 aa  259  5.0000000000000005e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0130  uroporphyrinogen decarboxylase  40.36 
 
 		 351 aa  259  6e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0339923  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  43.12 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  40 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  41.72 
 
 		 365 aa  258  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2714  uroporphyrinogen decarboxylase  40.24 
 
 		 351 aa  257  2e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  41.35 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1992  uroporphyrinogen decarboxylase  40.53 
 
 		 351 aa  256  3e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  39.12 
 
 		 351 aa  257  3e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3039  uroporphyrinogen decarboxylase  46.96 
 
 		 360 aa  256  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4408  uroporphyrinogen decarboxylase  40.56 
 
 		 349 aa  255  7e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  42.6 
 
 		 357 aa  255  8e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0619  uroporphyrinogen decarboxylase  44.2 
 
 		 340 aa  255  8e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.624284  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2341  uroporphyrinogen decarboxylase  40.24 
 
 		 351 aa  255  9e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  38.94 
 
 		 355 aa  253  3e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  43.2 
 
 		 353 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0439  uroporphyrinogen decarboxylase  42.51 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3590  uroporphyrinogen decarboxylase  42.51 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  42.51 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1089  uroporphyrinogen decarboxylase  36.53 
 
 		 348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  41.9 
 
 		 354 aa  252  6e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  40.24 
 
 		 354 aa  252  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  42.42 
 
 		 354 aa  252  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  42.2 
 
 		 354 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>