More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0923 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0923  ATP-dependent transcription regulator LuxR  100 
 
 
1235 aa  2347    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.280541  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5618  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.87 
 
 
1383 aa  295  3e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.586723 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.9 
 
 
876 aa  171  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  37 
 
 
766 aa  165  4.0000000000000004e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.8 
 
 
870 aa  154  8.999999999999999e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.26 
 
 
910 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.95 
 
 
913 aa  145  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  37.24 
 
 
900 aa  142  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.79 
 
 
935 aa  142  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.85 
 
 
897 aa  138  6.0000000000000005e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.56 
 
 
867 aa  137  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.16 
 
 
1003 aa  132  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  28.35 
 
 
917 aa  132  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  29.19 
 
 
900 aa  130  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.98 
 
 
1021 aa  129  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  26 
 
 
887 aa  129  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  29.55 
 
 
913 aa  129  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  30.16 
 
 
947 aa  127  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.17 
 
 
877 aa  127  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.55 
 
 
884 aa  126  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.38 
 
 
901 aa  125  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.94 
 
 
914 aa  123  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.42 
 
 
1019 aa  120  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3636  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.85 
 
 
953 aa  120  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164203 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  24.25 
 
 
921 aa  120  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.57 
 
 
911 aa  119  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
914 aa  119  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  30.57 
 
 
905 aa  119  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  28.33 
 
 
905 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  28.27 
 
 
906 aa  118  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  29.44 
 
 
896 aa  118  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.86 
 
 
880 aa  117  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.89 
 
 
905 aa  118  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.32 
 
 
905 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.97 
 
 
758 aa  117  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  27.04 
 
 
914 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
905 aa  116  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  28.22 
 
 
910 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  28.07 
 
 
906 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  28.74 
 
 
913 aa  114  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  25.75 
 
 
916 aa  109  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.74 
 
 
896 aa  109  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  27.05 
 
 
920 aa  108  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1524  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.1 
 
 
907 aa  106  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.179507  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  28.51 
 
 
749 aa  106  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  28.64 
 
 
899 aa  105  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  26.54 
 
 
903 aa  101  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  26.54 
 
 
903 aa  101  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.6 
 
 
846 aa  100  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  27.86 
 
 
904 aa  100  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.95 
 
 
930 aa  97.4  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.08 
 
 
947 aa  96.3  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  25 
 
 
902 aa  96.3  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  25.97 
 
 
914 aa  95.9  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  26.86 
 
 
960 aa  95.9  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  25.42 
 
 
901 aa  95.5  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  25.42 
 
 
901 aa  94  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  25.42 
 
 
901 aa  94.4  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.27 
 
 
933 aa  94.4  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  25.42 
 
 
901 aa  94  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
947 aa  93.6  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  25.42 
 
 
901 aa  94  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  25.42 
 
 
901 aa  94  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  28 
 
 
1110 aa  93.6  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  25.3 
 
 
901 aa  92.8  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  25.3 
 
 
901 aa  92.8  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  25.3 
 
 
901 aa  92.8  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  25.3 
 
 
902 aa  92.8  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  24.76 
 
 
902 aa  92.4  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  25.06 
 
 
901 aa  92.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  25.42 
 
 
901 aa  92  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  25.96 
 
 
904 aa  92  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  25.42 
 
 
901 aa  92  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  24.47 
 
 
901 aa  90.9  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.42 
 
 
932 aa  90.5  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  30.22 
 
 
824 aa  89  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  28.72 
 
 
1097 aa  88.6  6e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.68 
 
 
924 aa  88.2  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  26.37 
 
 
894 aa  87.4  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  28.53 
 
 
878 aa  84.7  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  23.52 
 
 
896 aa  84.3  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4809  regulatory protein, LuxR  27.52 
 
 
717 aa  84.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.17127 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
904 aa  84  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1633  regulatory protein, LuxR  28.37 
 
 
732 aa  84  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.162775 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.41 
 
 
894 aa  82  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3827  transcriptional regulator domain-containing protein  27.43 
 
 
1102 aa  81.6  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0262799 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.44 
 
 
922 aa  80.9  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.53 
 
 
921 aa  81.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  24.44 
 
 
1111 aa  81.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.53 
 
 
921 aa  81.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  23.59 
 
 
921 aa  80.9  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.53 
 
 
921 aa  80.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.34 
 
 
930 aa  78.2  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.08 
 
 
860 aa  77.8  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  28.07 
 
 
907 aa  78.2  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.12 
 
 
955 aa  77.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.22 
 
 
889 aa  77.4  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  29.23 
 
 
1083 aa  77  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  26.73 
 
 
911 aa  76.3  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1523  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  67.21 
 
 
873 aa  75.5  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>