260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0200 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0200  secretion protein HlyD  100 
 
 		 489 aa  887    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.296844 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6964  RND family efflux transporter MFP subunit  63.24 
 
 		 500 aa  187  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777883  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6960  RND family efflux transporter MFP subunit  40.35 
 
 		 822 aa  77  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 390 aa  70.1  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  33.95 
 
 		 509 aa  68.9  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.88 
 
 		 505 aa  67.4  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  38.33 
 
 		 621 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  23.38 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.88 
 
 		 379 aa  63.5  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8876  Membrane-fusion protein-like protein  33.59 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0542867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 		 500 aa  61.2  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 435 aa  60.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0196  secretion protein HlyD  41.86 
 
 		 752 aa  60.1  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.120209 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  35.54 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  31.58 
 
 		 431 aa  60.1  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  23.88 
 
 		 390 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0535  hypothetical protein  33.09 
 
 		 222 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1602  RND family efflux transporter MFP subunit  36.72 
 
 		 641 aa  59.3  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3489  RND family efflux transporter MFP subunit  33.06 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 399 aa  57.4  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0212  secretion protein HlyD family protein  35 
 
 		 536 aa  57  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  37.82 
 
 		 357 aa  57  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.62 
 
 		 381 aa  56.2  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.15 
 
 		 496 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.31 
 
 		 321 aa  55.8  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000342468  normal  0.524577 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.29 
 
 		 425 aa  55.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.95 
 
 		 420 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3274  putative multidrug efflux system transmembrane protein  32.41 
 
 		 225 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.668414  normal  0.104011 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.72 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  38.24 
 
 		 621 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  30.99 
 
 		 413 aa  55.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 496 aa  55.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0268  RND family efflux transporter MFP subunit  44.94 
 
 		 587 aa  55.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0795166 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  29.85 
 
 		 364 aa  55.1  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.74 
 
 		 415 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  31.36 
 
 		 415 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.76 
 
 		 467 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  31.74 
 
 		 415 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  35.09 
 
 		 376 aa  54.3  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  31.36 
 
 		 455 aa  54.3  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  24 
 
 		 391 aa  53.9  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  25.52 
 
 		 405 aa  53.9  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  32.74 
 
 		 415 aa  53.9  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 		 379 aa  53.9  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.32 
 
 		 416 aa  53.9  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  32.74 
 
 		 415 aa  53.5  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 		 428 aa  53.5  0.000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  32.74 
 
 		 415 aa  53.5  0.000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 380 aa  53.5  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  30.41 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 400 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  28.48 
 
 		 347 aa  52.8  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  30.77 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  30.41 
 
 		 413 aa  53.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  24.05 
 
 		 400 aa  53.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45910  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  32.59 
 
 		 385 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.170535  normal  0.980017 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 377 aa  53.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  30.77 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  32.12 
 
 		 357 aa  53.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  30.41 
 
 		 413 aa  53.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  31.34 
 
 		 369 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  57.78 
 
 		 586 aa  52.8  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117926 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2328  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 398 aa  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0963  hypothetical protein  31.18 
 
 		 307 aa  52.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  23.95 
 
 		 449 aa  52.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 404 aa  52  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  38.57 
 
 		 476 aa  51.6  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.63 
 
 		 453 aa  51.6  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1719  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.04 
 
 		 517 aa  51.6  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0477  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0500  secretion protein HlyD family protein  37.5 
 
 		 502 aa  52  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.63 
 
 		 360 aa  52  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 398 aa  52  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 		 399 aa  52  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  31.78 
 
 		 431 aa  51.6  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 384 aa  51.2  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 343 aa  51.2  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0650  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 		 410 aa  51.2  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.41 
 
 		 354 aa  50.4  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1704  secretion protein HlyD  29.61 
 
 		 345 aa  50.8  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000161104  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 429 aa  50.8  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.53 
 
 		 377 aa  50.8  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 504 aa  50.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0654  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 		 410 aa  50.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.47 
 
 		 384 aa  50.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 432 aa  50.4  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1836  multidrug efflux transport protein EefA  34.23 
 
 		 373 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000609578 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  36.25 
 
 		 402 aa  50.4  0.00008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0627  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 		 405 aa  50.4  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3735  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 		 410 aa  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2583  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 411 aa  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 		 407 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  29.32 
 
 		 435 aa  50.1  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 409 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  30.25 
 
 		 517 aa  49.7  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  32.33 
 
 		 405 aa  50.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1643  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  30.07 
 
 		 414 aa  48.9  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0226554  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2670  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  30.07 
 
 		 426 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.768547  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2420  RND family efflux transporter MFP subunit  35.54 
 
 		 421 aa  48.9  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.304256  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>