160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5254 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 219 aa  438  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 		 204 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  50.72 
 
 		 206 aa  191  9e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  49.29 
 
 		 204 aa  186  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.72 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  43.41 
 
 		 204 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  38.21 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  38.21 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  37.93 
 
 		 196 aa  149  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.9 
 
 		 203 aa  145  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  43.22 
 
 		 203 aa  144  9e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.56 
 
 		 205 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.22 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  39.22 
 
 		 209 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  39.22 
 
 		 211 aa  134  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  36.97 
 
 		 214 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  48.12 
 
 		 167 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  47.41 
 
 		 157 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  40.89 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  45.93 
 
 		 172 aa  122  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  36.54 
 
 		 225 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  43.41 
 
 		 142 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  38.01 
 
 		 179 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  52.48 
 
 		 116 aa  108  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  37.38 
 
 		 240 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  50.48 
 
 		 116 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  51.49 
 
 		 116 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  51.49 
 
 		 116 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  35.24 
 
 		 204 aa  106  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.76 
 
 		 111 aa  99.8  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  54.12 
 
 		 178 aa  97.1  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  63.64 
 
 		 107 aa  94.7  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  41.23 
 
 		 134 aa  93.2  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  56.32 
 
 		 120 aa  89.7  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  52.38 
 
 		 145 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  53.57 
 
 		 98 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  32.29 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  51.95 
 
 		 91 aa  83.2  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  51.19 
 
 		 137 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  50.56 
 
 		 96 aa  79.3  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  50 
 
 		 144 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  50 
 
 		 125 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  44.32 
 
 		 116 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  45.04 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  56.82 
 
 		 164 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  48.81 
 
 		 137 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  50 
 
 		 142 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  50 
 
 		 156 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  50 
 
 		 144 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  45.71 
 
 		 155 aa  66.2  0.0000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  49.15 
 
 		 60 aa  65.5  0.0000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  49.15 
 
 		 60 aa  65.5  0.0000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  34.58 
 
 		 182 aa  64.3  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  41.46 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  44.94 
 
 		 124 aa  60.8  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  41.58 
 
 		 120 aa  60.8  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.94 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  38.03 
 
 		 114 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 177 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  47.14 
 
 		 103 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  45.59 
 
 		 115 aa  57  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.71 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  44.44 
 
 		 70 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 		 70 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 68 aa  54.3  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.44 
 
 		 185 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  41.27 
 
 		 114 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 70 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  41.27 
 
 		 114 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 70 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  41.27 
 
 		 114 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.26 
 
 		 186 aa  53.9  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 70 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0690  cold shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 		 117 aa  52.8  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  30 
 
 		 274 aa  52.8  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  41.27 
 
 		 114 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  43.1 
 
 		 70 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.22 
 
 		 197 aa  52.8  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1020  hypothetical protein  32.91 
 
 		 89 aa  52.4  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.9 
 
 		 203 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 205 aa  52  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.83 
 
 		 217 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  41.38 
 
 		 70 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0626  hypothetical protein  47.69 
 
 		 97 aa  50.8  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  40.68 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2070  cold-shock protein, DNA-binding  36.67 
 
 		 137 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.176613  normal  0.566807 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.52 
 
 		 188 aa  50.8  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2213  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.67 
 
 		 138 aa  50.1  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.557194  normal  0.22233 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 253 aa  50.1  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  36.51 
 
 		 219 aa  48.5  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 219 aa  48.5  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.37 
 
 		 193 aa  48.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  34.15 
 
 		 247 aa  48.1  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4942  protein of unknown function DUF1294  38.89 
 
 		 124 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.66 
 
 		 276 aa  47.8  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  44.64 
 
 		 67 aa  47  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>