202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3678 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 188 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.78 
 
 		 204 aa  251  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.64 
 
 		 203 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.5 
 
 		 217 aa  234  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.31 
 
 		 185 aa  233  9e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.35 
 
 		 217 aa  229  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  55 
 
 		 219 aa  230  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 		 219 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.41 
 
 		 205 aa  224  7e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  55.12 
 
 		 203 aa  217  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.76 
 
 		 192 aa  214  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.81 
 
 		 206 aa  207  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 		 197 aa  199  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  43.1 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.04 
 
 		 186 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.97 
 
 		 195 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  33.52 
 
 		 168 aa  114  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.51 
 
 		 193 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  35.83 
 
 		 176 aa  107  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.81 
 
 		 177 aa  103  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.73 
 
 		 201 aa  93.2  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  43.12 
 
 		 274 aa  85.9  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.56 
 
 		 276 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  66.67 
 
 		 104 aa  76.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  57.41 
 
 		 156 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  41.11 
 
 		 97 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  62.22 
 
 		 143 aa  68.2  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  50 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  40.74 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  40.74 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  69.44 
 
 		 87 aa  63.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  41.11 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  36.23 
 
 		 238 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  50 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  28.93 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  40.3 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  50 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  58.54 
 
 		 102 aa  56.6  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  25.89 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.72 
 
 		 253 aa  55.1  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  52.38 
 
 		 134 aa  53.9  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.37 
 
 		 203 aa  52.8  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  34.57 
 
 		 240 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2624  hypothetical protein  60 
 
 		 34 aa  52  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  36.49 
 
 		 204 aa  51.6  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  28 
 
 		 247 aa  51.2  0.000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 		 203 aa  51.2  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.83 
 
 		 223 aa  50.8  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  35.71 
 
 		 214 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  28.71 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 237 aa  49.7  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 68 aa  46.2  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  30.12 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  48.65 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 		 70 aa  45.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.85 
 
 		 68 aa  46.2  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 		 70 aa  45.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  46.34 
 
 		 196 aa  45.4  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  41.38 
 
 		 70 aa  45.4  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  26.72 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  34.38 
 
 		 317 aa  45.1  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.1 
 
 		 69 aa  44.7  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  36.92 
 
 		 68 aa  44.7  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 		 311 aa  44.3  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  37.68 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1599  cold-shock protein, DNA-binding  34.33 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.564576  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  36.36 
 
 		 77 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  38.98 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 		 68 aa  43.9  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.35 
 
 		 70 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2320  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 		 67 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.680465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  35.71 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.92 
 
 		 68 aa  43.9  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  39.06 
 
 		 68 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  38.46 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  36.92 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.98 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  36.92 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  54.29 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 70 aa  43.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 69 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.29 
 
 		 68 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  38.89 
 
 		 69 aa  43.5  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.94 
 
 		 68 aa  43.9  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  40.35 
 
 		 70 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  36.76 
 
 		 63 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 		 68 aa  43.5  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 69 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.62 
 
 		 70 aa  43.5  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 68 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 68 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.67 
 
 		 70 aa  43.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 69 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  40.35 
 
 		 71 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 71 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  36.62 
 
 		 70 aa  43.5  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>