57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0441 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  100 
 
 		 239 aa  502  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.15 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.81 
 
 		 204 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  43.88 
 
 		 203 aa  182  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.15 
 
 		 217 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  42.8 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.8 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.15 
 
 		 192 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.49 
 
 		 206 aa  178  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.32 
 
 		 203 aa  174  8e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.92 
 
 		 205 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.1 
 
 		 188 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.66 
 
 		 185 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.11 
 
 		 197 aa  158  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.08 
 
 		 186 aa  135  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.49 
 
 		 195 aa  101  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  27.97 
 
 		 193 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  29.06 
 
 		 168 aa  93.2  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.16 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  23.63 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  65.96 
 
 		 104 aa  74.7  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  44.71 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  49.18 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  49.28 
 
 		 176 aa  70.1  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52 
 
 		 201 aa  62  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  55.56 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  42.17 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  39.13 
 
 		 102 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  61.11 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  34.41 
 
 		 97 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  35.56 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  32.35 
 
 		 111 aa  55.5  0.0000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  35.8 
 
 		 211 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  35.8 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  28.12 
 
 		 129 aa  54.7  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  53.66 
 
 		 134 aa  52.8  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  58.33 
 
 		 196 aa  51.6  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.33 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  52.78 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.77 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  54.05 
 
 		 66 aa  50.4  0.00003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  24.38 
 
 		 203 aa  50.1  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  35.9 
 
 		 196 aa  49.7  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  23.4 
 
 		 247 aa  49.3  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  31.25 
 
 		 238 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.43 
 
 		 224 aa  47.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  27.13 
 
 		 240 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  23.65 
 
 		 197 aa  46.2  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2624  hypothetical protein  56.67 
 
 		 34 aa  46.2  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.89 
 
 		 68 aa  45.8  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  23.57 
 
 		 253 aa  45.8  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  50 
 
 		 216 aa  45.1  0.0009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  35.44 
 
 		 201 aa  45.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  32.39 
 
 		 204 aa  42.7  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.18 
 
 		 64 aa  42.4  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  27.85 
 
 		 204 aa  42.4  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 68 aa  42  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>