29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3072 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  100 
 
 		 197 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.84 
 
 		 195 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.35 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.77 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.27 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  25.76 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.92 
 
 		 177 aa  62  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  26.44 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.32 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  27.14 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  24.39 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  24.87 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  26.37 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  23.47 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  23.16 
 
 		 168 aa  52  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  25.12 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  23.77 
 
 		 219 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  24 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  23.26 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  25.12 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  50 
 
 		 143 aa  49.3  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  39.34 
 
 		 156 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  39.58 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  23.65 
 
 		 239 aa  46.2  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  41.3 
 
 		 129 aa  43.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  51.22 
 
 		 111 aa  43.1  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  30.84 
 
 		 231 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  24.75 
 
 		 274 aa  42.4  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  52.63 
 
 		 87 aa  41.6  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>