192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3647 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 204 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.41 
 
 		 205 aa  249  3e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.46 
 
 		 217 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.54 
 
 		 203 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.78 
 
 		 188 aa  228  5e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.67 
 
 		 217 aa  228  5e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.61 
 
 		 206 aa  221  8e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  51.36 
 
 		 219 aa  220  9e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.82 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.86 
 
 		 185 aa  218  6e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.37 
 
 		 192 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  52.43 
 
 		 203 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  44.81 
 
 		 239 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.81 
 
 		 197 aa  188  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.15 
 
 		 186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.47 
 
 		 193 aa  121  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.45 
 
 		 195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.39 
 
 		 177 aa  104  8e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.92 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  32.37 
 
 		 168 aa  102  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  34.33 
 
 		 176 aa  98.2  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  35.62 
 
 		 274 aa  97.4  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  40.59 
 
 		 104 aa  85.9  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.19 
 
 		 276 aa  84.7  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  45.12 
 
 		 156 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  60 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  48.57 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  34.34 
 
 		 97 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  50 
 
 		 225 aa  67  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  34.11 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  51.52 
 
 		 134 aa  64.7  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  37.63 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  63.89 
 
 		 87 aa  60.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  33.64 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  26.32 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  26.56 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.52 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  32.91 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  37.31 
 
 		 196 aa  53.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  56.1 
 
 		 225 aa  53.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  44.07 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.33 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.03 
 
 		 223 aa  52  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  39.71 
 
 		 240 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.18 
 
 		 68 aa  50.4  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.84 
 
 		 68 aa  50.1  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  44.9 
 
 		 66 aa  49.7  0.00003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.05 
 
 		 237 aa  48.5  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 68 aa  48.5  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 224 aa  48.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.24 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1235  cold-shock domain-contain protein  54.76 
 
 		 83 aa  46.6  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  52.78 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 68 aa  46.6  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.11 
 
 		 68 aa  46.2  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  32.84 
 
 		 207 aa  46.6  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  34.29 
 
 		 214 aa  46.6  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  40.62 
 
 		 71 aa  45.8  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 70 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  41.18 
 
 		 67 aa  45.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  40.62 
 
 		 83 aa  45.8  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 205 aa  46.2  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 69 aa  45.4  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.084577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1599  cold-shock protein, DNA-binding  55.56 
 
 		 67 aa  45.4  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.564576  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0978  cold shock domain protein CspD  37.84 
 
 		 73 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.401823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1011  cold shock domain-containing protein CspD  37.84 
 
 		 73 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0945  cold shock domain protein CspD  37.84 
 
 		 73 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00738434  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1042  cold shock domain-containing protein CspD  37.84 
 
 		 73 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  38.24 
 
 		 68 aa  45.8  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1061  cold shock domain protein CspD  37.84 
 
 		 73 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.510663  normal  0.839324 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00885  cold shock protein-like protein  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.679557  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2762  cold-shock DNA-binding domain protein  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00553863  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00891  hypothetical protein  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.67802  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0953  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00980817  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  28.38 
 
 		 204 aa  45.4  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2449  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0782347  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0984  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1041  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000029024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2716  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2280  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00002354  normal  0.0221589 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 71 aa  45.4  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 69 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  40 
 
 		 69 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0712  cold shock-like protein CspD  35.71 
 
 		 76 aa  45.1  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 70 aa  44.7  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.76 
 
 		 68 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 70 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2320  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.48 
 
 		 67 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.680465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.62 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1672  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.14 
 
 		 73 aa  44.7  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.974123 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 67 aa  44.3  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 71 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>