More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1179 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  97.14 
 
 		 70 aa  137  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  97.14 
 
 		 71 aa  136  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  94.29 
 
 		 71 aa  135  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  94.29 
 
 		 70 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  88.57 
 
 		 71 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.81 
 
 		 70 aa  116  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3003  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 71 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2743  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 71 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 71 aa  101  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 70 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2135  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24851  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  62.86 
 
 		 83 aa  101  4e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1650  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.43 
 
 		 71 aa  101  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  62.86 
 
 		 71 aa  101  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3156  cold shock protein  62.86 
 
 		 71 aa  101  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  64.18 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2873  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 73 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 		 70 aa  93.6  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 		 70 aa  93.6  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1620  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 70 aa  92.8  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.246445 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  64.62 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  61.19 
 
 		 69 aa  92  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 69 aa  92  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3878  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 69 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  60.29 
 
 		 69 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 		 69 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 		 69 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5339  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 71 aa  89  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2375  cold-shock protein, DNA-binding  59.7 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.33157  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 		 70 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.29852 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3513  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 70 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4194  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 70 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7022  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 		 70 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0599246  normal  0.604228 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6591  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00426867 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5655  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  54.41 
 
 		 69 aa  87  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 69 aa  87  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  62.69 
 
 		 69 aa  87  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1798  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 69 aa  87  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4644  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 68 aa  87  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 		 69 aa  87  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0311  cold-shock protein, DNA-binding  63.49 
 
 		 68 aa  87  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.656988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4283  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.09 
 
 		 68 aa  86.7  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 		 68 aa  86.3  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  54.41 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  54.41 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 69 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0093  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 69 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.941798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.52 
 
 		 68 aa  85.9  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1056  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 70 aa  85.5  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.102694 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 70 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.59949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1185  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  55.22 
 
 		 70 aa  85.9  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 68 aa  85.9  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2199  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 67 aa  84.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 68 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.81 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_004310  BR1492  cold-shock family protein  56.72 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.136425  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 		 69 aa  84.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00586625  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.52 
 
 		 68 aa  84.3  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0922  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11423  normal  0.220498 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0809  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.13645 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3436  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 		 69 aa  84.3  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 		 69 aa  84  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0142  cold shock protein  56.25 
 
 		 74 aa  84.3  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 		 69 aa  84  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.084577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1949  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.38 
 
 		 69 aa  83.6  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589262  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 69 aa  83.6  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  53.85 
 
 		 69 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0246  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 69 aa  83.6  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0430  cold-shock family protein  58.21 
 
 		 69 aa  82.8  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7552  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 		 69 aa  83.2  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.73 
 
 		 69 aa  83.2  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 		 69 aa  82  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 69 aa  82  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.38 
 
 		 68 aa  82.8  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.96 
 
 		 70 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0386  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.67 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.94 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.86 
 
 		 68 aa  82  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.67 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0850  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.67 
 
 		 68 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 68 aa  81.3  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.81 
 
 		 67 aa  81.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.522557 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.46 
 
 		 69 aa  81.3  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0977  cold-shock DNA-binding family protein  56.92 
 
 		 69 aa  81.3  0.000000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>