173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0148 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 201 aa  413  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  46.63 
 
 		 196 aa  191  8e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  42.79 
 
 		 204 aa  190  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.64 
 
 		 237 aa  189  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  41.79 
 
 		 207 aa  175  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  43.01 
 
 		 204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 		 203 aa  170  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  41.09 
 
 		 204 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  40.51 
 
 		 206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.21 
 
 		 219 aa  149  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 205 aa  139  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  36.55 
 
 		 214 aa  137  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.88 
 
 		 224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  37.17 
 
 		 203 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.11 
 
 		 223 aa  123  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  35.03 
 
 		 211 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  35.03 
 
 		 209 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  54.7 
 
 		 142 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  56.19 
 
 		 167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  53.04 
 
 		 157 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  55.24 
 
 		 172 aa  118  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  50.83 
 
 		 179 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  52.88 
 
 		 111 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  59.41 
 
 		 116 aa  115  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  58.42 
 
 		 116 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  34.86 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  56.31 
 
 		 116 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  65.85 
 
 		 116 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  31.98 
 
 		 225 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  54.64 
 
 		 107 aa  108  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  35.64 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  47.92 
 
 		 178 aa  97.1  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  32.38 
 
 		 240 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  61.19 
 
 		 120 aa  92.4  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  41.12 
 
 		 134 aa  90.5  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  55 
 
 		 98 aa  88.2  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  55.56 
 
 		 164 aa  87.4  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  56 
 
 		 91 aa  87.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  31.58 
 
 		 203 aa  84.7  8e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  51.25 
 
 		 144 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  46.99 
 
 		 96 aa  79.3  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  49.33 
 
 		 156 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  49.32 
 
 		 145 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  47.5 
 
 		 144 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  40 
 
 		 116 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  39.44 
 
 		 165 aa  76.3  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  47.95 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  49.32 
 
 		 125 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  47.95 
 
 		 137 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  46.58 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  48.44 
 
 		 155 aa  72  0.000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  48.28 
 
 		 124 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  42.99 
 
 		 120 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  34.21 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  41.94 
 
 		 115 aa  65.9  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  29.51 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0690  cold shock DNA-binding domain-containing protein  45.05 
 
 		 117 aa  62.4  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  35.96 
 
 		 114 aa  62.4  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  35.96 
 
 		 114 aa  61.2  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  42.37 
 
 		 60 aa  60.8  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  33.33 
 
 		 114 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  42.37 
 
 		 60 aa  60.8  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  33.33 
 
 		 114 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.25 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  44.29 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1020  hypothetical protein  38.67 
 
 		 89 aa  58.5  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967949  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4942  protein of unknown function DUF1294  36 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.2 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2278  protein of unknown function DUF1294  38.46 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1142  hypothetical protein  37.14 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  42.42 
 
 		 203 aa  53.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  38.46 
 
 		 168 aa  53.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 		 185 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0204  hypothetical protein  35.38 
 
 		 95 aa  53.5  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2410  hypothetical protein  42.42 
 
 		 90 aa  52.8  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.62 
 
 		 276 aa  51.2  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.93 
 
 		 195 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0626  hypothetical protein  43.33 
 
 		 97 aa  50.1  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 		 188 aa  49.3  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3043  protein of unknown function DUF1294  40.85 
 
 		 92 aa  49.7  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.816761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 		 219 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 219 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  35.44 
 
 		 67 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0801  protein of unknown function DUF1294  43.1 
 
 		 83 aa  48.5  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.97 
 
 		 203 aa  48.5  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  40.3 
 
 		 70 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>