73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2948 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  100 
 
 		 124 aa  241  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  88.43 
 
 		 120 aa  179  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  43.81 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.08 
 
 		 237 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  42.48 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  50.72 
 
 		 91 aa  76.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  39.64 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  43.64 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  41.05 
 
 		 196 aa  72  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  56.52 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  43.88 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  42.48 
 
 		 172 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  41.59 
 
 		 167 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  44.55 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  43.22 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  37.17 
 
 		 115 aa  68.6  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  43.56 
 
 		 116 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  43.56 
 
 		 179 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  43.56 
 
 		 116 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  37.76 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  40.7 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  46.43 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  46.99 
 
 		 116 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  36 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  40.45 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  43.18 
 
 		 214 aa  63.5  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 		 224 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  43.68 
 
 		 98 aa  63.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.33 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  43.82 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.7 
 
 		 205 aa  62  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  40.7 
 
 		 114 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  39.29 
 
 		 114 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  39.29 
 
 		 114 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  39.08 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  40.7 
 
 		 114 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  37.31 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  47.54 
 
 		 156 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.51 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  51.52 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  33.94 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  40.91 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  37.62 
 
 		 204 aa  57.8  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  53.85 
 
 		 240 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.5 
 
 		 203 aa  57.4  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1020  hypothetical protein  37.33 
 
 		 89 aa  55.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  48.48 
 
 		 238 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  42.65 
 
 		 103 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 		 211 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 		 209 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  52.94 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0690  cold shock DNA-binding domain-containing protein  46.07 
 
 		 117 aa  49.7  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  41.25 
 
 		 142 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0626  hypothetical protein  42.5 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  40.26 
 
 		 155 aa  48.9  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  50.98 
 
 		 125 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  40.17 
 
 		 165 aa  47.4  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  46.15 
 
 		 145 aa  47  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  50.98 
 
 		 137 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1412  hypothetical protein  40.3 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.418113  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4942  protein of unknown function DUF1294  42.03 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  46.99 
 
 		 164 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0204  hypothetical protein  31.11 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2410  hypothetical protein  44.44 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3043  protein of unknown function DUF1294  38.46 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.816761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2628  hypothetical protein  38.46 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.105894  normal  0.375374 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  41.18 
 
 		 203 aa  41.6  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0801  protein of unknown function DUF1294  51.06 
 
 		 83 aa  41.6  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2852  protein of unknown function DUF1294  34.15 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000138701  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1169  hypothetical protein  32.43 
 
 		 93 aa  40  0.01  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.129311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>