75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1030 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 111 aa  222  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.3 
 
 		 203 aa  144  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  52.88 
 
 		 201 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  66.67 
 
 		 179 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  66.67 
 
 		 116 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  66.67 
 
 		 116 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  66.67 
 
 		 116 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  66.67 
 
 		 116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.21 
 
 		 237 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  60.23 
 
 		 142 aa  106  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  65 
 
 		 167 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  50.91 
 
 		 204 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  65 
 
 		 157 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  57.43 
 
 		 206 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  63.75 
 
 		 172 aa  103  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.76 
 
 		 219 aa  99.8  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  46.23 
 
 		 207 aa  99.4  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  47.92 
 
 		 178 aa  96.3  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  56.79 
 
 		 204 aa  95.1  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  51.69 
 
 		 196 aa  94.7  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 204 aa  91.3  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.57 
 
 		 224 aa  88.6  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  51.11 
 
 		 116 aa  88.6  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  43.01 
 
 		 134 aa  88.2  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  51.76 
 
 		 107 aa  86.7  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.93 
 
 		 205 aa  85.1  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  53.09 
 
 		 98 aa  84.3  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.18 
 
 		 223 aa  84  7e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  55.41 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  38.38 
 
 		 214 aa  80.5  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  57.14 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  45.57 
 
 		 91 aa  76.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  45.57 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  49 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  47.14 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  47.14 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  46.48 
 
 		 142 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  42.17 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  44.71 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  44 
 
 		 156 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  45.45 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  39.02 
 
 		 155 aa  68.9  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  51.67 
 
 		 240 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  42.11 
 
 		 144 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  39.24 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  43.66 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  39.24 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  43.06 
 
 		 145 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  43.06 
 
 		 137 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  39.24 
 
 		 114 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  39.24 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  39.24 
 
 		 114 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  40.85 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  50 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2410  hypothetical protein  43.94 
 
 		 90 aa  60.1  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1020  hypothetical protein  41.03 
 
 		 89 aa  60.1  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  38.2 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  47.22 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  43.18 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  39.47 
 
 		 203 aa  53.9  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2278  protein of unknown function DUF1294  40.62 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1142  hypothetical protein  41.79 
 
 		 135 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0626  hypothetical protein  47.46 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0690  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 117 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2628  hypothetical protein  33.77 
 
 		 90 aa  50.4  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.105894  normal  0.375374 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  35.59 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0204  hypothetical protein  33.33 
 
 		 95 aa  48.9  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  39.66 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  37.29 
 
 		 120 aa  47.8  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4506  hypothetical protein  37.31 
 
 		 120 aa  47.4  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3043  protein of unknown function DUF1294  47.17 
 
 		 92 aa  46.2  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.816761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0554  hypothetical protein  37.93 
 
 		 70 aa  46.2  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000831877  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4942  protein of unknown function DUF1294  33.33 
 
 		 124 aa  43.9  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1548  hypothetical protein  31.25 
 
 		 91 aa  40.8  0.006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.399307  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1740  hypothetical protein  33.33 
 
 		 93 aa  40  0.01  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>