79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2918 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  273  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  94.16 
 
 		 137 aa  228  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  91.2 
 
 		 125 aa  201  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  71.53 
 
 		 145 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  50.39 
 
 		 142 aa  133  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  53.62 
 
 		 156 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  62.63 
 
 		 238 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  64.58 
 
 		 144 aa  122  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  62.07 
 
 		 144 aa  110  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  48.04 
 
 		 209 aa  100  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  48.04 
 
 		 211 aa  100  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  44.35 
 
 		 155 aa  94.4  5e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  58.24 
 
 		 240 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  43.16 
 
 		 225 aa  78.2  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  49.32 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  49.41 
 
 		 214 aa  77  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 224 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.81 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  46.58 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  46.58 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  34.86 
 
 		 142 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  46.67 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  44.76 
 
 		 157 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  46.99 
 
 		 167 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  55.41 
 
 		 203 aa  70.5  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  43.81 
 
 		 204 aa  70.5  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.95 
 
 		 237 aa  70.1  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  43.75 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  46.99 
 
 		 172 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  44.44 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  45.57 
 
 		 120 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  43.66 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.48 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  43.06 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  43.06 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  43.66 
 
 		 179 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  41.56 
 
 		 134 aa  67  0.00000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  50.79 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  48.48 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  40.28 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  50 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  37.66 
 
 		 116 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.67 
 
 		 205 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  42.67 
 
 		 91 aa  64.3  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  42.86 
 
 		 178 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  40.28 
 
 		 111 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  45.78 
 
 		 165 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2410  hypothetical protein  40.85 
 
 		 90 aa  57.4  0.00000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  38.27 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  36.47 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  45.33 
 
 		 115 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1020  hypothetical protein  39.73 
 
 		 89 aa  56.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  36.47 
 
 		 114 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  44.64 
 
 		 114 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  44.64 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  42.03 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2852  protein of unknown function DUF1294  44.78 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000138701  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0626  hypothetical protein  46.15 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  44 
 
 		 164 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1740  hypothetical protein  37.18 
 
 		 93 aa  50.8  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0716  protein of unknown function DUF1294  45.76 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2791  protein of unknown function DUF1294  39.51 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0469638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0204  hypothetical protein  30.99 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1142  hypothetical protein  43.64 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2278  protein of unknown function DUF1294  34.62 
 
 		 94 aa  46.2  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4942  protein of unknown function DUF1294  40.68 
 
 		 124 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4506  hypothetical protein  32.56 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  57.89 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0554  hypothetical protein  34.69 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000831877  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1548  hypothetical protein  29.33 
 
 		 91 aa  43.9  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.399307  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  57.89 
 
 		 124 aa  43.9  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2628  hypothetical protein  36.62 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.105894  normal  0.375374 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1476  protein of unknown function DUF1294  33.33 
 
 		 80 aa  41.2  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1412  hypothetical protein  34.38 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.418113  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2479  protein of unknown function DUF1294  30.51 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>