More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2865 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  100 
 
 		 196 aa  400  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  49.74 
 
 		 204 aa  193  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  46.63 
 
 		 201 aa  191  7e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.31 
 
 		 237 aa  169  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  44.04 
 
 		 204 aa  166  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  40.84 
 
 		 207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.79 
 
 		 203 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  42.33 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.62 
 
 		 205 aa  152  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  39.15 
 
 		 204 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.93 
 
 		 219 aa  139  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  39.9 
 
 		 209 aa  136  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  39.9 
 
 		 211 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.41 
 
 		 224 aa  131  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  36.65 
 
 		 203 aa  128  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.23 
 
 		 223 aa  128  6e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  37.04 
 
 		 214 aa  122  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  39.1 
 
 		 179 aa  120  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  38.5 
 
 		 225 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  44.62 
 
 		 157 aa  118  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  38.18 
 
 		 172 aa  117  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  43.85 
 
 		 167 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  37.44 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  35.44 
 
 		 238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  47.17 
 
 		 116 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  46.23 
 
 		 116 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  53.49 
 
 		 142 aa  108  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  46.23 
 
 		 116 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  53.49 
 
 		 116 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  55.42 
 
 		 107 aa  98.2  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  40.38 
 
 		 178 aa  97.8  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  51.69 
 
 		 111 aa  94.7  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  42.02 
 
 		 134 aa  94.7  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  29.8 
 
 		 204 aa  88.2  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  35.87 
 
 		 203 aa  87  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  56 
 
 		 91 aa  86.3  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  55.95 
 
 		 164 aa  86.7  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  52.33 
 
 		 120 aa  84.7  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  48.42 
 
 		 115 aa  84.3  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  53.66 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  43.62 
 
 		 114 aa  80.1  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  46.84 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  47.37 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  45.35 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  47.37 
 
 		 116 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  45.35 
 
 		 114 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  45.35 
 
 		 114 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  45.35 
 
 		 114 aa  75.1  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  46.15 
 
 		 144 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  50.68 
 
 		 144 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  47.14 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  46.25 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  46.25 
 
 		 125 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  44.32 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  42.53 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  43.75 
 
 		 137 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  46.88 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.05 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  49.15 
 
 		 60 aa  65.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  49.15 
 
 		 60 aa  65.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  46.39 
 
 		 165 aa  64.7  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  36.26 
 
 		 168 aa  62.8  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.51 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  43.28 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  41 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  42.86 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 		 197 aa  57.8  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  31.4 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  37.18 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.18 
 
 		 219 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.25 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4942  protein of unknown function DUF1294  37.18 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  46.58 
 
 		 103 aa  55.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1142  hypothetical protein  42.65 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1020  hypothetical protein  42.19 
 
 		 89 aa  55.1  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967949  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1798  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 		 69 aa  52.8  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.97 
 
 		 177 aa  51.6  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0690  cold shock DNA-binding domain-containing protein  51.92 
 
 		 117 aa  51.2  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 201 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 		 68 aa  50.1  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  37.5 
 
 		 71 aa  49.7  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.82 
 
 		 195 aa  49.3  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  40.3 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  42.62 
 
 		 67 aa  49.7  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  35.9 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 		 69 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  43.33 
 
 		 67 aa  48.5  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2199  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 67 aa  48.9  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 		 69 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  42.03 
 
 		 70 aa  48.5  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  37.5 
 
 		 83 aa  48.5  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.33 
 
 		 69 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>