More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5567 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  100 
 
 
70 aa  141  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  87.14 
 
 
70 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  87.14 
 
 
70 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1620  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.61 
 
 
70 aa  121  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.246445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.43 
 
 
70 aa  106  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2135  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
70 aa  100  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24851  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 
71 aa  98.6  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3156  cold shock protein  64.29 
 
 
71 aa  96.7  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3003  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 
71 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2873  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
70 aa  95.9  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2743  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 
71 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  64.18 
 
 
71 aa  91.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1650  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
71 aa  91.7  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  64.18 
 
 
83 aa  91.7  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.41 
 
 
70 aa  90.5  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
71 aa  90.1  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.72 
 
 
71 aa  89.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  56.72 
 
 
71 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
70 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
70 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  65.15 
 
 
68 aa  84  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  66.67 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.16 
 
 
68 aa  83.2  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.91 
 
 
68 aa  82  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  57.58 
 
 
69 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
69 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.91 
 
 
77 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  64.91 
 
 
77 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.91 
 
 
68 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.29 
 
 
73 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
69 aa  80.5  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  58.21 
 
 
69 aa  80.5  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  63.16 
 
 
68 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  55.71 
 
 
69 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
68 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2219  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.32 
 
 
68 aa  80.1  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
66 aa  79  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  79  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7022  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.55 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0599246  normal  0.604228 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  61.4 
 
 
68 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.29852 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
68 aa  79  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.59949  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4194  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3513  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
69 aa  79  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  53.03 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0311  cold-shock protein, DNA-binding  54.55 
 
 
68 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.656988  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  58.21 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  59.09 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
67 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5339  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 
71 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  58.21 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
66 aa  77.8  0.00000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  58.21 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>