More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02738 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  100 
 
 		 70 aa  141  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  85.29 
 
 		 70 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.29 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 70 aa  116  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  82.09 
 
 		 70 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  76.12 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  80.3 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 		 69 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 		 69 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 69 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 69 aa  107  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  77.27 
 
 		 69 aa  106  9.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  75 
 
 		 70 aa  105  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  70.59 
 
 		 70 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  71.88 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  73.85 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 67 aa  101  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  71.88 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  71.88 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 70 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  71.64 
 
 		 70 aa  100  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  73.44 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  70.31 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  69.12 
 
 		 70 aa  99.4  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 70 aa  99  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  68.66 
 
 		 70 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 70 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 70 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 70 aa  97.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  67.65 
 
 		 70 aa  97.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  63.77 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  66.67 
 
 		 70 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  68.85 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  97.1  9e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.12 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  68.75 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 		 71 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 		 71 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  65.22 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  63.77 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  68.75 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 170 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  69.23 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.65 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  75.41 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  94.4  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  75 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  75 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  94.4  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  61.76 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  61.76 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  61.76 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  61.76 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  61.76 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  61.76 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>