More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0051 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  100 
 
 		 69 aa  137  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  97.01 
 
 		 69 aa  132  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  89.55 
 
 		 69 aa  123  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  88.06 
 
 		 69 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  88.06 
 
 		 69 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  85.07 
 
 		 69 aa  122  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 69 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 69 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  86.57 
 
 		 69 aa  122  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  85.07 
 
 		 69 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 69 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  86.36 
 
 		 70 aa  120  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  87.69 
 
 		 70 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  86.36 
 
 		 70 aa  117  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.33 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  84.85 
 
 		 70 aa  114  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.1 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  78.79 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.81 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  80.3 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  75.76 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  77.27 
 
 		 70 aa  106  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  77.27 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  78.12 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  78.46 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  76.56 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 68 aa  100  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 69 aa  100  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 68 aa  99.4  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  98.6  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  99  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  99  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  98.6  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 68 aa  98.6  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 68 aa  97.8  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  69.23 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000358394  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  74.6 
 
 		 81 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2156  cold-shock domain-contain protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000351487  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000180609  unclonable  0.0000000000176576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  74.6 
 
 		 81 aa  96.7  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1051  cold-shock domain-contain protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117316  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0958  cold shock protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000117939  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  73.02 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000063088  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.19 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 68 aa  95.9  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0775  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150831  hitchhiker  0.000000000149768 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 68 aa  95.1  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  66.67 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  68.85 
 
 		 67 aa  95.1  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  67.69 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.19 
 
 		 68 aa  95.1  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1909  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.02 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>