More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3483 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 70 aa  143  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  97.14 
 
 		 70 aa  141  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  95.71 
 
 		 70 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.71 
 
 		 70 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  94.29 
 
 		 70 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  92.86 
 
 		 70 aa  133  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  89.71 
 
 		 70 aa  128  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  86.76 
 
 		 69 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  86.76 
 
 		 69 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  86.76 
 
 		 69 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  86.76 
 
 		 69 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 69 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 69 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  79.41 
 
 		 69 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 69 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.41 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 69 aa  107  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  79.41 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  73.13 
 
 		 70 aa  104  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  72.86 
 
 		 70 aa  103  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  74.29 
 
 		 70 aa  103  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  72.46 
 
 		 165 aa  103  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 		 70 aa  103  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  74.29 
 
 		 70 aa  103  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  70 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  72.06 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  70.15 
 
 		 70 aa  100  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 70 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  65.22 
 
 		 70 aa  99  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  70.59 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  70.59 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  68.66 
 
 		 70 aa  97.8  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  68.12 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 170 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19776  normal  0.285903 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 73 aa  94.4  5e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 73 aa  94.4  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.06 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  63.08 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 126 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  65.67 
 
 		 70 aa  92.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 83 aa  92  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  64.62 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  61.19 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  66.15 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>