More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1274 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  100 
 
 		 70 aa  143  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  95.71 
 
 		 70 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  92.75 
 
 		 70 aa  134  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  88.24 
 
 		 70 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  85.71 
 
 		 70 aa  127  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  88.06 
 
 		 165 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  85.29 
 
 		 69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.14 
 
 		 70 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  88.06 
 
 		 69 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  82.86 
 
 		 70 aa  124  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  82.86 
 
 		 70 aa  121  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 		 69 aa  120  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  79.41 
 
 		 69 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  79.41 
 
 		 69 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.79 
 
 		 73 aa  115  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.79 
 
 		 73 aa  115  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  76.47 
 
 		 69 aa  114  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  76.47 
 
 		 69 aa  114  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.47 
 
 		 69 aa  114  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.53 
 
 		 69 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  86.67 
 
 		 61 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  74.63 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  75.38 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  75.38 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  73.91 
 
 		 70 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  68.57 
 
 		 70 aa  103  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  70 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 71 aa  101  3e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  69.7 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.65 
 
 		 69 aa  100  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  68.57 
 
 		 70 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  68.18 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  68.18 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  68.18 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 71 aa  97.4  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 71 aa  97.4  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  68.18 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  68.18 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.18 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  75 
 
 		 61 aa  93.6  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  60.61 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19776  normal  0.285903 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 68 aa  91.7  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.44 
 
 		 68 aa  91.7  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  66.15 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.9  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 		 68 aa  90.1  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 67 aa  89.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 69 aa  90.1  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 68 aa  89.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 70 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 		 68 aa  89.4  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 		 68 aa  89.4  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 		 68 aa  89.4  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 69 aa  89  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 70 aa  89  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  62.12 
 
 		 69 aa  89.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  60.61 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 		 72 aa  88.2  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  65.22 
 
 		 70 aa  88.6  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 68 aa  87.8  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  68.18 
 
 		 66 aa  87.8  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 68 aa  87.4  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 69 aa  87.4  5e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 69 aa  87.4  5e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  62.12 
 
 		 204 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 69 aa  87  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1310  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00171676  normal  0.537383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215281  normal  0.985957 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>