More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4313 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
69 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
69 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  97.1 
 
 
69 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  97.1 
 
 
69 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  91.18 
 
 
69 aa  133  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  88.24 
 
 
69 aa  130  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  88.24 
 
 
69 aa  130  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  88.24 
 
 
69 aa  130  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  85.71 
 
 
70 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.94 
 
 
70 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  79.71 
 
 
70 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 
70 aa  116  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 
69 aa  116  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  79.1 
 
 
70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  80.3 
 
 
70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 
70 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  80.88 
 
 
70 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 
70 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  73.53 
 
 
69 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  76.12 
 
 
165 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 
70 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  73.53 
 
 
69 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 
69 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 
70 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  76.47 
 
 
70 aa  113  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.41 
 
 
70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  74.63 
 
 
70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
69 aa  111  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  72.06 
 
 
70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  71.21 
 
 
69 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  71.21 
 
 
69 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
73 aa  100  5e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
73 aa  100  5e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
71 aa  98.2  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  74.58 
 
 
61 aa  97.1  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
71 aa  92.4  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
69 aa  92  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
71 aa  92.4  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  63.24 
 
 
69 aa  92  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  63.24 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  62.32 
 
 
70 aa  91.7  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  60.29 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  64.18 
 
 
70 aa  90.9  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 
66 aa  90.1  9e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  59.42 
 
 
69 aa  89  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  89  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  57.58 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  59.09 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  63.49 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  58.82 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
70 aa  88.2  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  59.09 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  64.52 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  59.09 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  87.4  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  59.09 
 
 
200 aa  87  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  87  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 
68 aa  87  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
66 aa  87  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  65.08 
 
 
66 aa  87  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  86.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  59.7 
 
 
70 aa  86.7  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  86.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  64.62 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  60.66 
 
 
61 aa  86.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
72 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>