More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1165 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 69 aa  141  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.82 
 
 		 69 aa  121  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.51 
 
 		 70 aa  120  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  84.06 
 
 		 70 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 69 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  85.07 
 
 		 69 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 69 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  81.16 
 
 		 69 aa  116  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 		 69 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  82.09 
 
 		 69 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  80.6 
 
 		 69 aa  114  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  80.6 
 
 		 69 aa  114  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.09 
 
 		 69 aa  113  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  79.1 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.35 
 
 		 70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  77.27 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  80.6 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  70.59 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  73.53 
 
 		 70 aa  103  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  73.91 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  71.01 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  74.19 
 
 		 70 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 68 aa  99  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 68 aa  98.2  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 68 aa  98.2  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 68 aa  97.8  4e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  70.31 
 
 		 70 aa  97.8  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  74.24 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  68.18 
 
 		 70 aa  97.1  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 94 aa  96.7  9e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  95.9  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  96.3  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  96.3  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  95.9  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 68 aa  96.3  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.65 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.06 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 170 aa  94.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 68 aa  94.7  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  68.75 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.58 
 
 		 67 aa  93.6  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  77.05 
 
 		 66 aa  93.6  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.05 
 
 		 66 aa  93.6  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 69 aa  93.6  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 		 69 aa  93.2  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  70.77 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 70 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  65.67 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  65.22 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  70.97 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.97 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  70.97 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 70 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  64.18 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>