More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1257 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  100 
 
 		 70 aa  140  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  97.14 
 
 		 70 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  88.57 
 
 		 69 aa  124  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.86 
 
 		 70 aa  122  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.43 
 
 		 70 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  88.06 
 
 		 69 aa  119  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  85.29 
 
 		 70 aa  118  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  82.86 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.06 
 
 		 69 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  80 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  80.88 
 
 		 69 aa  114  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  84.85 
 
 		 69 aa  114  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.41 
 
 		 69 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.41 
 
 		 69 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  77.94 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  75 
 
 		 69 aa  110  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  74.29 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  72.86 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.71 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.71 
 
 		 69 aa  104  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 70 aa  104  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 70 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  68.57 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  73.13 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 170 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  75 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.85 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.86 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.86 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.44 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  70.15 
 
 		 70 aa  100  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 70 aa  100  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 70 aa  100  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  73.44 
 
 		 69 aa  100  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 		 68 aa  100  9e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  70.15 
 
 		 70 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.86 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 		 68 aa  98.6  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  68.66 
 
 		 70 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.19 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.58 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 68 aa  98.2  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  71.88 
 
 		 69 aa  98.2  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  71.88 
 
 		 69 aa  98.2  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  71.88 
 
 		 69 aa  98.2  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.86 
 
 		 69 aa  97.4  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  68.57 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  68.57 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  76.92 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  66.15 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.92 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.92 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.92 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  67.14 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.86 
 
 		 68 aa  95.9  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>