More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2963 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 70 aa  142  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  80 
 
 		 70 aa  116  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 70 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  80.6 
 
 		 69 aa  115  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.1 
 
 		 69 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  79.1 
 
 		 69 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.1 
 
 		 69 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.1 
 
 		 69 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.1 
 
 		 69 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.57 
 
 		 70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  77.14 
 
 		 70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  85.94 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  82.81 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  75.71 
 
 		 70 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  77.14 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  73.91 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  77.14 
 
 		 70 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  75.71 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.82 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.29 
 
 		 70 aa  106  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  76.12 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  70.15 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  75.81 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  68.66 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  68.57 
 
 		 70 aa  98.2  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  98.2  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.8  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  98.2  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  71.88 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.14 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.71 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  64.29 
 
 		 70 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.14 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  61.76 
 
 		 68 aa  94  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  65.71 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  64.18 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 70 aa  94  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.14 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  65.67 
 
 		 69 aa  93.6  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 68 aa  93.6  8e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  65.67 
 
 		 69 aa  93.6  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  65.67 
 
 		 69 aa  93.6  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 70 aa  93.6  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>