More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1099 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  100 
 
 
69 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
69 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  97.1 
 
 
69 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  97.1 
 
 
69 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  89.71 
 
 
69 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  86.76 
 
 
69 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  86.76 
 
 
69 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  86.76 
 
 
69 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  84.29 
 
 
70 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  78.26 
 
 
70 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 
69 aa  115  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 
70 aa  115  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  79.1 
 
 
70 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  80.3 
 
 
70 aa  114  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 
70 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  79.41 
 
 
70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 
70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 
70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.94 
 
 
70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  75 
 
 
70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  74.63 
 
 
165 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  74.63 
 
 
70 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 
70 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 
69 aa  110  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 
69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 
70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  70.59 
 
 
69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  70.59 
 
 
69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  70.59 
 
 
70 aa  108  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  68.18 
 
 
69 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  68.18 
 
 
69 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
73 aa  99.8  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
73 aa  99.8  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  74.58 
 
 
61 aa  97.1  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
69 aa  96.7  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
71 aa  95.9  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
71 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
71 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 
66 aa  90.9  6e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
69 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  64.06 
 
 
69 aa  90.5  8e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  63.64 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  62.69 
 
 
70 aa  89.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  65.08 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  58.82 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  61.76 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
68 aa  89  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
68 aa  89  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  89  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
69 aa  89  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  66.67 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  58.82 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  57.58 
 
 
69 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
69 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
69 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  59.42 
 
 
70 aa  87.8  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  57.35 
 
 
69 aa  87  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
69 aa  87  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
69 aa  87  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
70 aa  87  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.57 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  59.7 
 
 
70 aa  86.3  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  60.66 
 
 
61 aa  86.3  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  57.58 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  59.7 
 
 
70 aa  86.3  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  57.58 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  57.58 
 
 
200 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  57.58 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.38 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1213  hypothetical protein  56.52 
 
 
77 aa  85.1  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 
170 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>