More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3069 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 69 aa  143  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  89.86 
 
 		 69 aa  132  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  86.96 
 
 		 69 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  86.96 
 
 		 69 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  79.71 
 
 		 69 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.71 
 
 		 69 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.71 
 
 		 69 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.26 
 
 		 69 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.71 
 
 		 69 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  77.27 
 
 		 204 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  77.27 
 
 		 203 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  72.06 
 
 		 200 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.27 
 
 		 205 aa  111  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.91 
 
 		 69 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 197 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 197 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  72.06 
 
 		 73 aa  107  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  72.06 
 
 		 73 aa  107  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 197 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  71.64 
 
 		 91 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 71 aa  106  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  65.22 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  71.01 
 
 		 69 aa  104  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  68.12 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  65.22 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 68 aa  102  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 		 71 aa  100  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 71 aa  100  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  67.65 
 
 		 70 aa  100  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  66.18 
 
 		 70 aa  100  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 		 69 aa  100  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 69 aa  100  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 		 69 aa  100  9e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 68 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  68.66 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  65.22 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  68.66 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 68 aa  99.8  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  63.77 
 
 		 165 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 68 aa  97.8  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  64.71 
 
 		 70 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 70 aa  97.8  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 		 70 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 70 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 68 aa  97.4  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  70.31 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 70 aa  97.4  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 68 aa  97.4  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 73 aa  97.1  7e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 73 aa  97.1  7e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 68 aa  97.1  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 68 aa  97.1  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  68.75 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 68 aa  96.3  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 68 aa  96.7  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 68 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  60.87 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  60.87 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.42 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 156 aa  92.8  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  60.87 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.29 
 
 		 70 aa  92.8  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1960  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.507319  normal  0.106232 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  57.97 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  57.97 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.97 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0374  cold-shock DNA-binding domain protein  63.77 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381403  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>