More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3558 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 69 aa  139  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  95.65 
 
 		 69 aa  134  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  92.75 
 
 		 69 aa  129  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  86.96 
 
 		 69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.51 
 
 		 69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  88.41 
 
 		 69 aa  123  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.06 
 
 		 69 aa  123  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  89.86 
 
 		 68 aa  122  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  86.57 
 
 		 68 aa  121  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.06 
 
 		 69 aa  120  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 68 aa  120  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  118  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  118  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  116  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  85.94 
 
 		 68 aa  115  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.94 
 
 		 68 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  73.91 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  76.81 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.81 
 
 		 68 aa  111  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  73.91 
 
 		 69 aa  110  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.54 
 
 		 68 aa  110  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 68 aa  108  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.36 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 68 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 68 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  74.63 
 
 		 69 aa  107  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 68 aa  107  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 		 69 aa  107  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 		 69 aa  107  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 		 69 aa  107  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.12 
 
 		 68 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  78.12 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  73.91 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  72.46 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.29 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  72.86 
 
 		 70 aa  101  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 71 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  67.14 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 68 aa  98.2  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  97.4  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  67.14 
 
 		 70 aa  97.1  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  70.59 
 
 		 70 aa  97.1  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  65.22 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 65 aa  95.9  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  68.25 
 
 		 66 aa  96.7  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  57.97 
 
 		 69 aa  95.1  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  71.64 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  67.14 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.14 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  65.08 
 
 		 66 aa  95.9  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  60.61 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  60.61 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  66.15 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  68.18 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  68.18 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  67.14 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  63.77 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 70 aa  94.4  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  57.97 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  63.77 
 
 		 70 aa  94  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3079  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.29 
 
 		 70 aa  94  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000105073  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  71.67 
 
 		 66 aa  93.6  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  65.67 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  68.75 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  65.67 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>