More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1862 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 69 aa  140  7e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.79 
 
 		 70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0374  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381403  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  75 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.12 
 
 		 69 aa  98.2  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  76.19 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  75 
 
 		 66 aa  97.4  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2354  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 70 aa  97.4  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.895038  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  68.66 
 
 		 69 aa  97.4  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 68 aa  97.1  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1504  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.01 
 
 		 72 aa  96.7  9e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  73.44 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 66 aa  95.9  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 66 aa  95.9  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.02 
 
 		 68 aa  94.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 66 aa  94.7  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 		 66 aa  94.7  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 69 aa  94  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  70.31 
 
 		 66 aa  94  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 66 aa  94  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.19 
 
 		 68 aa  93.6  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  62.69 
 
 		 69 aa  93.6  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.71 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 66 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  68.75 
 
 		 66 aa  93.2  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 		 66 aa  93.2  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 		 68 aa  93.2  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.24 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 68 aa  92.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  65.15 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  66.67 
 
 		 85 aa  92  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  71.43 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 		 68 aa  91.7  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  71.43 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  71.43 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  71.43 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  71.43 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  70.97 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  71.43 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  70.97 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  68.75 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  71.43 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.67 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  71.43 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 66 aa  91.3  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.77 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  72.13 
 
 		 65 aa  90.9  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 65 aa  90.9  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  68.18 
 
 		 66 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  68.18 
 
 		 66 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  68.18 
 
 		 66 aa  90.5  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  68.18 
 
 		 66 aa  90.5  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  68.18 
 
 		 66 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  68.18 
 
 		 66 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  68.18 
 
 		 66 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>