More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1504 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1504  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
72 aa  147  6e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0255  Cold-shock protein DNA-binding protein  82.61 
 
 
71 aa  116  9e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.01 
 
 
69 aa  96.7  9e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.11 
 
 
70 aa  89  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  59.72 
 
 
70 aa  88.2  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.71 
 
 
69 aa  87  7e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
69 aa  87  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
71 aa  87  7e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  87  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  87  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  58.33 
 
 
70 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0374  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381403  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  64.62 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  55.56 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.17 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  57.97 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  56.94 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  58.57 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  56.52 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.94 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  58.82 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  65.62 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2354  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.895038  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
68 aa  84  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  58.33 
 
 
70 aa  83.6  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  57.35 
 
 
68 aa  83.2  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.07 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  54.17 
 
 
70 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  57.97 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.24529  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  58.33 
 
 
69 aa  82  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  58.82 
 
 
69 aa  82  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
69 aa  82  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  56.52 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  59.09 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.07 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  55.07 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.52 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  57.97 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
69 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
69 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.11 
 
 
69 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.93 
 
 
94 aa  80.5  0.000000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  60.29 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  56.52 
 
 
67 aa  80.1  0.000000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
67 aa  80.1  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  60 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
69 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
67 aa  79.7  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.78 
 
 
71 aa  79.7  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1960  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
70 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.507319  normal  0.106232 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
69 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.94 
 
 
70 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  59.72 
 
 
165 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  58.33 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
68 aa  79  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  55.88 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.62 
 
 
67 aa  79  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  54.41 
 
 
68 aa  79  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.07 
 
 
67 aa  79  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  52.17 
 
 
67 aa  79.3  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
68 aa  79  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  58.33 
 
 
69 aa  79  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.78 
 
 
71 aa  79.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  56.06 
 
 
67 aa  79  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  55.88 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.11 
 
 
70 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  55.88 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  55.88 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  55.88 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  58.82 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  55.88 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  57.35 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>