More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1097 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 67 aa  139  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.24529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.1 
 
 		 68 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 68 aa  115  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.613597  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3828  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.41 
 
 		 86 aa  114  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0718  cold shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  108  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  65.67 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  58.21 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 68 aa  93.6  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2333  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 		 67 aa  90.5  6e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000675435 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2600  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 		 67 aa  90.5  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.612278  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 170 aa  90.9  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  61.19 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  60.94 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  56.72 
 
 		 67 aa  90.1  8e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5185  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  62.5 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 70 aa  89.4  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  59.38 
 
 		 69 aa  89  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 		 67 aa  89  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  59.38 
 
 		 69 aa  89  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 		 126 aa  89  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 		 67 aa  88.6  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 		 67 aa  88.6  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 66 aa  89.4  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  89  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  59.7 
 
 		 67 aa  88.6  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  62.5 
 
 		 70 aa  88.6  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  62.5 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  60.94 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3156  cold shock-like transcription regulator protein  62.5 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.82157 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.72 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  59.38 
 
 		 69 aa  87.8  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  59.38 
 
 		 69 aa  87.8  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  59.38 
 
 		 69 aa  87.8  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  56.72 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  63.64 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.22 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.22 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.22 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.21 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  62.3 
 
 		 69 aa  87  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  62.3 
 
 		 69 aa  87  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>