More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_C47 on replicon NC_008505
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
66 aa  134  3.0000000000000003e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  89.39 
 
 
66 aa  122  2e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  86.15 
 
 
65 aa  116  9.999999999999999e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  81.82 
 
 
66 aa  113  1.0000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 
66 aa  102  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  73.02 
 
 
67 aa  102  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.42 
 
 
65 aa  100  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 
66 aa  100  8e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
83 aa  99.8  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  74.19 
 
 
65 aa  99  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  69.23 
 
 
66 aa  98.6  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
66 aa  98.6  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
66 aa  98.2  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 
66 aa  98.2  3e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
66 aa  98.2  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
66 aa  97.4  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  71.43 
 
 
66 aa  97.4  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  69.35 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  69.35 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  68.18 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 
65 aa  96.7  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
68 aa  96.7  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
65 aa  96.3  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
68 aa  96.3  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
68 aa  96.7  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
66 aa  96.7  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
68 aa  96.3  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  67.74 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  67.69 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  67.69 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  67.69 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  67.74 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  67.74 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  67.74 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  67.74 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  67.74 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  71.43 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  67.69 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  67.74 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  67.69 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  67.69 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  67.69 
 
 
66 aa  95.1  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.77 
 
 
70 aa  94.7  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  68.75 
 
 
67 aa  94.7  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1587  cold-shock DNA-binding protein family  67.69 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000012511  unclonable  7.72165e-24 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
65 aa  94.4  4e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
68 aa  94.4  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  64.52 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  68.25 
 
 
69 aa  94.4  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  94  6e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 
69 aa  93.6  8e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  71.21 
 
 
69 aa  93.6  8e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 
68 aa  93.6  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.32 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 
70 aa  92.8  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  67.74 
 
 
70 aa  92  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
70 aa  92  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  67.74 
 
 
70 aa  92  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  69.35 
 
 
70 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  69.35 
 
 
70 aa  92.8  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  67.74 
 
 
70 aa  92  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>