More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_8911 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
66 aa  136  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  83.33 
 
 
66 aa  121  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.3 
 
 
66 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  83.33 
 
 
67 aa  119  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.85 
 
 
67 aa  118  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.85 
 
 
67 aa  118  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.3 
 
 
66 aa  115  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  82.09 
 
 
67 aa  114  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.1 
 
 
67 aa  113  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.1 
 
 
67 aa  113  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 
66 aa  113  8.999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  83.58 
 
 
67 aa  113  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 
92 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  77.61 
 
 
67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 
67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  79.1 
 
 
67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  79.1 
 
 
67 aa  107  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  74.63 
 
 
67 aa  106  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 
67 aa  105  2e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  79.69 
 
 
67 aa  104  4e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 
65 aa  104  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
67 aa  103  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
68 aa  102  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
67 aa  101  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  102  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
68 aa  101  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 
67 aa  101  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  100  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 
67 aa  100  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
68 aa  100  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  73.13 
 
 
67 aa  100  9e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  68.66 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 
69 aa  99.8  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
67 aa  99  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  99  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 
67 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 
65 aa  98.6  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  97.8  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  67.16 
 
 
67 aa  97.4  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  97.8  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
67 aa  97.4  6e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 
67 aa  97.4  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  71.64 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  66.67 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
67 aa  96.7  9e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0440  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
68 aa  96.7  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.270892  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  73.44 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
94 aa  95.9  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  66.67 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
66 aa  94.4  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  94.7  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  65.08 
 
 
77 aa  94  6e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
65 aa  94  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  68.75 
 
 
69 aa  94  6e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
66 aa  93.6  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  66.15 
 
 
69 aa  93.2  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  93.6  9e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.06 
 
 
67 aa  93.6  9e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.32 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
69 aa  92  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  68.85 
 
 
65 aa  91.3  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0890  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000324148  normal  0.0824036 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  91.3  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  62.12 
 
 
66 aa  90.5  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>