More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1853 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 66 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  86.36 
 
 		 66 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  80.95 
 
 		 67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  80.95 
 
 		 67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.37 
 
 		 67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  79.37 
 
 		 67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  79.37 
 
 		 67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  79.37 
 
 		 67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  79.37 
 
 		 67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  79.37 
 
 		 65 aa  108  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  79.37 
 
 		 65 aa  108  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  79.37 
 
 		 65 aa  108  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  78.46 
 
 		 66 aa  106  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  78.46 
 
 		 66 aa  106  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  78.46 
 
 		 66 aa  106  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  78.46 
 
 		 66 aa  106  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  78.46 
 
 		 66 aa  106  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  78.46 
 
 		 66 aa  106  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  78.46 
 
 		 66 aa  106  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  78.46 
 
 		 66 aa  106  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  80 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  78.46 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 		 66 aa  104  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 66 aa  104  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 65 aa  104  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  78.46 
 
 		 77 aa  103  7e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  74.24 
 
 		 66 aa  103  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 66 aa  102  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  77.42 
 
 		 65 aa  101  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 66 aa  101  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 66 aa  101  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 67 aa  100  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.44 
 
 		 65 aa  100  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 65 aa  100  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.42 
 
 		 65 aa  100  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  75.38 
 
 		 66 aa  100  8e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 66 aa  100  8e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 		 66 aa  99.8  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  75.81 
 
 		 65 aa  99.4  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  69.84 
 
 		 65 aa  99.8  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  75.38 
 
 		 66 aa  98.6  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 66 aa  99  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 		 66 aa  98.6  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1517  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.02 
 
 		 65 aa  98.6  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  72.31 
 
 		 66 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 66 aa  97.8  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  72.13 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 66 aa  97.4  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  73.02 
 
 		 65 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  73.02 
 
 		 65 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  75.81 
 
 		 83 aa  96.3  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 		 66 aa  96.7  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1327  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 65 aa  95.5  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00843058  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 65 aa  95.9  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 66 aa  94.7  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  72.58 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  71.43 
 
 		 65 aa  94.7  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  72.58 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  71.43 
 
 		 65 aa  94.7  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  72.58 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  72.58 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  72.58 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  71.43 
 
 		 65 aa  94.7  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  72.58 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  72.58 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 66 aa  94.4  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.97 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05490  putative cold-shock DNA-binding domain protein  72.13 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.94484e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  71.43 
 
 		 65 aa  94  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1474  cold shock protein  71.43 
 
 		 65 aa  94  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  71.43 
 
 		 65 aa  94  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 69 aa  93.6  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 66 aa  93.6  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  69.7 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  70.49 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 65 aa  93.6  9e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 66 aa  93.6  9e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.49 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  70.49 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>