More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0555 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 66 aa  135  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 66 aa  111  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.37 
 
 		 66 aa  105  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 		 66 aa  101  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 66 aa  99  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 67 aa  95.1  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  62.12 
 
 		 66 aa  95.1  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  66.67 
 
 		 66 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 66 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 		 66 aa  94.7  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  66.15 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  66.15 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  66.15 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  66.15 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  66.15 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  66.15 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  66.15 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  66.15 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 66 aa  94  7e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 66 aa  93.6  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  65.15 
 
 		 77 aa  93.6  8e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 66 aa  93.6  9e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  62.5 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  66.15 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  62.5 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  62.5 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  60.61 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  62.5 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  62.5 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  62.5 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 66 aa  92.8  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  62.5 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  62.5 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  62.5 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.15 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 		 83 aa  91.7  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  62.12 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 67 aa  90.9  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 		 65 aa  90.9  5e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 		 65 aa  90.9  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  90.9  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 67 aa  90.9  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  62.12 
 
 		 66 aa  90.5  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 		 66 aa  90.5  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 66 aa  90.5  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 66 aa  90.5  8e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  90.1  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05490  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 		 68 aa  90.1  9e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.94484e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 66 aa  89.4  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  62.12 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  66.67 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  66.67 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  66.67 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  66.67 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  66.67 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  66.67 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 66 aa  89.4  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 66 aa  89.4  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  66.67 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  66.67 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 		 65 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 66 aa  88.6  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 69 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  62.12 
 
 		 66 aa  89.4  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 66 aa  89.4  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 68 aa  89.4  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  65.08 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>