More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1614 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 68 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  98.53 
 
 		 68 aa  136  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  98.53 
 
 		 68 aa  136  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  97.06 
 
 		 68 aa  136  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  98.53 
 
 		 69 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  97.06 
 
 		 69 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  98.53 
 
 		 69 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  98.53 
 
 		 69 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  98.53 
 
 		 69 aa  135  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.59 
 
 		 69 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  95.59 
 
 		 69 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.59 
 
 		 69 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.59 
 
 		 69 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  95.59 
 
 		 69 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  94.12 
 
 		 68 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  92.65 
 
 		 69 aa  130  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 68 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 68 aa  111  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  110  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  107  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  107  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.92 
 
 		 69 aa  107  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 		 69 aa  107  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 70 aa  105  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  68.66 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 68 aa  101  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 68 aa  101  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.02 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  69.23 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  72.46 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  72.31 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.67 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  72.06 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  74.24 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  72.31 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  72.06 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  72.06 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.67 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  69.57 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.57 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.57 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 65 aa  97.1  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  68.12 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 		 66 aa  96.3  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 66 aa  94.7  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  69.12 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  75.38 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.49 
 
 		 66 aa  94.4  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  66.67 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 66 aa  93.6  7e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 70 aa  93.2  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  68.25 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  70.97 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  70.97 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 		 66 aa  93.2  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  70.97 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  69.7 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  65.22 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  66.13 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 68 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  64.18 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>