More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4269 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
67 aa  139  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  83.58 
 
 
67 aa  123  8.000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  83.58 
 
 
67 aa  122  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  82.09 
 
 
67 aa  121  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  82.09 
 
 
67 aa  119  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  79.1 
 
 
67 aa  117  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 
67 aa  117  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.6 
 
 
67 aa  115  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  80.3 
 
 
67 aa  114  3.9999999999999997e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  80.3 
 
 
67 aa  114  6e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  80.3 
 
 
67 aa  113  6.9999999999999995e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02500  cold-shock DNA-binding protein family  82.26 
 
 
62 aa  113  6.9999999999999995e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169268  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 
67 aa  113  7.999999999999999e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
67 aa  113  7.999999999999999e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
67 aa  112  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  73.13 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
67 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
67 aa  108  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 
92 aa  107  5e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 
67 aa  107  6e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  74.63 
 
 
67 aa  107  6e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
67 aa  107  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  106  9.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
69 aa  106  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
68 aa  106  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 
67 aa  106  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 
67 aa  105  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
67 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 
67 aa  105  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 
67 aa  105  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
67 aa  105  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.92 
 
 
65 aa  104  3e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
67 aa  104  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  104  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  71.64 
 
 
67 aa  104  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 
67 aa  104  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
67 aa  104  5e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
66 aa  103  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
67 aa  103  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 
67 aa  103  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  78.79 
 
 
66 aa  103  7e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  103  7e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 
67 aa  103  7e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 
67 aa  103  7e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 
67 aa  103  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
67 aa  103  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
68 aa  103  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
67 aa  103  9e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
67 aa  103  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  102  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  70.15 
 
 
67 aa  102  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
67 aa  102  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
67 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
67 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
67 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  101  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
66 aa  102  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
67 aa  102  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  68.66 
 
 
67 aa  101  4e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
67 aa  101  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
67 aa  101  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
68 aa  101  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
67 aa  101  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 
67 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  68.66 
 
 
67 aa  100  5e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  100  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  100  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
67 aa  100  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
66 aa  100  8e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
67 aa  100  8e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
67 aa  100  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  100  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
67 aa  99  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
67 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
67 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
67 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
68 aa  98.6  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>