More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3733 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 68 aa  141  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.613597  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 68 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3828  cold-shock DNA-binding protein family protein  85.29 
 
 		 86 aa  124  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0718  cold shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 68 aa  117  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 67 aa  115  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.24529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.18 
 
 		 67 aa  94  7e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.18 
 
 		 67 aa  94  7e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.18 
 
 		 67 aa  94  7e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1093  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 72 aa  92  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.24 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  66.15 
 
 		 67 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 310 aa  89.7  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  89  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 68 aa  89.4  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 		 67 aa  88.6  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  58.82 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  63.24 
 
 		 67 aa  88.6  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2600  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  88.6  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.612278  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2333  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 67 aa  88.6  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000675435 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  87.8  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  86.7  9e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  61.76 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.24 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 		 66 aa  86.3  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  62.12 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  63.24 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.35 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  57.35 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  60.61 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  84.7  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 67 aa  84.7  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  84.7  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 		 67 aa  84.3  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 		 67 aa  84.3  5e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 170 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 67 aa  84.3  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  60.61 
 
 		 69 aa  84  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  60.61 
 
 		 69 aa  84  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  60.61 
 
 		 69 aa  84  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 		 67 aa  84.3  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  57.35 
 
 		 67 aa  84  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  84  7e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  83.6  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.35 
 
 		 67 aa  83.6  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  83.6  8e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  62.69 
 
 		 67 aa  83.6  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  57.35 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 		 67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 77 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  83.2  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  60 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 		 67 aa  83.2  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  59.09 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  59.09 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  59.09 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  59.09 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  61.54 
 
 		 67 aa  82  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  60.29 
 
 		 67 aa  82.4  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 67 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  59.09 
 
 		 69 aa  82  0.000000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  59.09 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  59.09 
 
 		 69 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  58.82 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>