More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3828 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3828  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 86 aa  179  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 68 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.29 
 
 		 68 aa  124  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.613597  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0718  cold shock DNA-binding domain-containing protein  86.15 
 
 		 68 aa  120  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 67 aa  114  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.24529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 67 aa  93.6  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  66.18 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 310 aa  91.3  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.22 
 
 		 92 aa  90.1  9e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  63.24 
 
 		 67 aa  89.4  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  88.6  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  64.29 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 67 aa  88.6  3e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  64.29 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2600  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  87.8  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.612278  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2333  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 67 aa  87.8  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000675435 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  64.29 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  65.67 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  64.29 
 
 		 69 aa  87.8  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  87.4  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  63.24 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1093  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 		 72 aa  87.4  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  62.86 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 126 aa  86.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  57.35 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  64.18 
 
 		 69 aa  86.3  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  60.29 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5185  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 67 aa  85.5  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  85.5  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  62.69 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  60.29 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  60 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  60 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 		 67 aa  84.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 		 67 aa  84.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  61.76 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  84.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  61.43 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  61.54 
 
 		 70 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  61.54 
 
 		 70 aa  84.3  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  61.54 
 
 		 70 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>