More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2279 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 310 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  37.93 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  36.48 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  34.75 
 
 		 418 aa  132  6e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.16 
 
 		 179 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  37.23 
 
 		 204 aa  103  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 		 67 aa  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.91 
 
 		 242 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  72.06 
 
 		 67 aa  99.8  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  36.46 
 
 		 242 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 67 aa  97.8  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 67 aa  97.8  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 259 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 67 aa  97.4  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 67 aa  97.1  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 67 aa  96.7  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 68 aa  96.3  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.04 
 
 		 241 aa  96.3  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 		 67 aa  96.3  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 		 67 aa  95.9  8e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  67.65 
 
 		 67 aa  95.9  8e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 67 aa  95.9  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 67 aa  95.5  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 67 aa  95.1  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  31.8 
 
 		 217 aa  95.1  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  69.12 
 
 		 67 aa  95.1  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.65 
 
 		 67 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 		 67 aa  95.5  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  94.7  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  36.84 
 
 		 268 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.14 
 
 		 92 aa  94.7  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 67 aa  94.4  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 		 67 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 67 aa  94  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  42.36 
 
 		 281 aa  94  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  94  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 		 67 aa  93.6  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 67 aa  93.2  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  69.57 
 
 		 68 aa  92.8  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.18 
 
 		 67 aa  92.8  7e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 67 aa  92.8  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 67 aa  92.4  8e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 279 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  61.76 
 
 		 67 aa  92.4  9e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  69.12 
 
 		 67 aa  92.4  9e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.76 
 
 		 267 aa  92  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.15 
 
 		 249 aa  91.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  66.18 
 
 		 79 aa  92  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 67 aa  90.9  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 67 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 67 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 67 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  91.3  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  67.16 
 
 		 67 aa  91.3  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 67 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.71 
 
 		 67 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 67 aa  90.5  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 		 67 aa  90.5  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.26 
 
 		 94 aa  90.1  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 67 aa  90.1  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 67 aa  90.1  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 67 aa  90.1  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 		 68 aa  90.5  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  67.65 
 
 		 67 aa  89.7  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 68 aa  90.1  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.613597  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 		 67 aa  90.1  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 		 67 aa  89.7  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  60.29 
 
 		 68 aa  89.4  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 67 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 66 aa  89.7  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 67 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.33 
 
 		 210 aa  89.4  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0521  cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 		 67 aa  89.4  7e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 67 aa  89.4  7e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 		 66 aa  89.4  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 70 aa  89.4  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  68.66 
 
 		 66 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  89  8e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1188  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.21 
 
 		 68 aa  89  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00084266  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  65.15 
 
 		 165 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  64.18 
 
 		 70 aa  89  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 68 aa  88.2  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 66 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 67 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  66.18 
 
 		 66 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02500  cold-shock DNA-binding protein family  61.9 
 
 		 62 aa  88.6  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.35 
 
 		 71 aa  88.6  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 68 aa  88.2  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 67 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.71 
 
 		 67 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 67 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 67 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  88.2  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  63.24 
 
 		 67 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 		 67 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  61.19 
 
 		 67 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 		 68 aa  87.8  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 		 69 aa  87.8  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>