More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_29050 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  100 
 
 		 67 aa  135  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  77.61 
 
 		 67 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 		 67 aa  108  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  77.61 
 
 		 67 aa  108  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 		 67 aa  108  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 		 67 aa  108  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 		 67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 67 aa  107  6e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 67 aa  107  6e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 67 aa  107  6e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 		 67 aa  106  8.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  104  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  70.15 
 
 		 67 aa  104  4e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  101  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 68 aa  101  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  100  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  100  7e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2333  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000675435 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2600  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.612278  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  71.64 
 
 		 79 aa  98.6  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  68.66 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  67.69 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  67.16 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  64.18 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 		 67 aa  94.7  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  66.15 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  94  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  67.16 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 94 aa  93.2  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 68 aa  90.9  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 68 aa  90.9  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 		 68 aa  90.9  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 67 aa  90.9  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 		 68 aa  90.9  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  90.5  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 67 aa  90.1  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0521  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  90.1  9e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  67.16 
 
 		 66 aa  89.4  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  88.6  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 68 aa  88.6  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 66 aa  89  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 66 aa  89.4  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 		 67 aa  88.6  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 		 77 aa  88.6  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>