More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1093 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1093  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 72 aa  149  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  79.41 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.27 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.47 
 
 		 83 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.79 
 
 		 67 aa  104  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  76.12 
 
 		 67 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  77.27 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  77.27 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  77.27 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  77.27 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  77.27 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  77.27 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  77.27 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 		 77 aa  103  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.27 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  75.38 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 67 aa  100  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 67 aa  100  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 		 67 aa  100  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3078  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1188  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 68 aa  99.4  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00084266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197262  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3333  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.437112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0430  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000180464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3528  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00720053  normal  0.332876 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 		 67 aa  97.8  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 170 aa  97.1  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3007  cold-shock domain-contain protein  71.21 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.0000126299  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3041  cold shock transcription regulator protein  71.21 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000233724  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1594  cold-shock domain-contain protein  71.21 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000000000225603  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2941  cold-shock domain-contain protein  71.21 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000529081  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0840  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 67 aa  94.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 68 aa  95.1  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  69.23 
 
 		 67 aa  94.7  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0865  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 67 aa  94.7  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000217633  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0877  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 67 aa  94.7  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.351907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2393  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.00000000000119944  normal  0.392298 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0527  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000967156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.65 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4113  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103179  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 68 aa  92  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.613597  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  66.15 
 
 		 68 aa  92  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>