More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2202 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 69 aa  140  6e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  76.81 
 
 		 69 aa  110  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3333  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.12 
 
 		 70 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.437112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 		 77 aa  103  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  7e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 67 aa  103  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0430  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000180464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3528  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00720053  normal  0.332876 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  69.57 
 
 		 68 aa  101  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  101  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  71.21 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  74.24 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 83 aa  100  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  72.73 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 94 aa  100  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  70.15 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  73.44 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 67 aa  100  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3078  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 		 68 aa  99  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  68.12 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  65.67 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197262  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 68 aa  97.4  5e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  97.8  5e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  70.77 
 
 		 70 aa  97.4  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 68 aa  97.4  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 		 65 aa  97.1  6e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.12 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.12 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  64.18 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2941  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000529081  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3007  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.0000126299  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3041  cold shock transcription regulator protein  68.66 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000233724  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1594  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000000000225603  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  71.64 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 67 aa  95.9  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>